安徽中医药大学第一附属医院擅长风湿科、肾病科、脾胃病科、内分泌科、儿科，这些科室都有着高超的诊疗技术，患者可根据自身需求选择。
1、风湿科
为国家临床重点专科（中医风湿病专业）、国家中医药管理局重点专科（风湿病）建设学科，现为安徽中医药大学中医内科学风湿免疫专业博士、硕士学位授予点，国家风湿病数据中心（CRDC）、中国系统性红斑狼疮研究协作组（CSTAR）、类风湿关节炎、痛风研究成员单位，国家食品药品监督管理局药品临床研究基地。
2、肾病科
是国家中医药管理局重点专科、国家药品临床研究基地肾病专业科室，为安徽省卫健委首批认定的临床特色专科，随后成为省卫健委重点专科。设置有原发性肾脏病亚专科、代谢性肾脏病亚专科、风湿免疫肾脏病亚专科、腹膜透析亚专科等，采用中西医结合诊治肾脏内科各种常见病、多发病及危重疑难疾病。
3、脾胃病科
是安徽省重点学科中医内科所属三级学科之一,安徽省重点专科，国家药物临床试验机构（中医消化专业），安徽中医药大学中医学博士学位（脾胃病专业）授权点，安徽中医药大学中医内科、中西医结合消化硕士学位授权点，安徽省中西医结合消化病专业委员会挂靠单位。拥有一支实力强劲的医疗专家队伍，人才梯度合理，科研力量雄厚。
4、内分泌科
是安徽省重点学科和重点专科，教育部博士授权点。内分泌科门诊设有糖尿病研究型专家门诊及糖尿病专科护士门诊。糖尿病研究型门诊设有糖尿病专科医生、糖尿病研究所及糖尿病试验室，重点病种确立以来共诊治糖尿病患者10万余人次。
5、儿科
是医院早期设立的科室之一，具有儿科医疗、教学、科研三位一体的独特优势，其临床教学与研究实力雄厚，是国家区域中医（儿科）诊疗中心华东区专科联盟单位，安徽省临床重点专科，安徽省中医药学会儿科专业主任委员单位，为国家中医药管理局“十二五”重点专科协作组成员单位。科室多次荣获医院“先进集体”。