中山市博爱医院擅长的科室有妇科、产科、儿科、儿童保健科、新生儿科等，这些科室设备齐全、技术力量雄厚，可以为患者提供高水平的治疗。
1、妇科
中山市博爱医院妇科是中山市最早开展子宫颈癌与癌前病变规范化诊断与治疗的医疗单位，于2021年成功申报国家级首批妇科内分泌示范门诊及广东省更年期保健特色专科，在国内妇科内分泌规范化诊治管理方面走在前列。在治疗妇科疾病如各类妇科肿瘤、子宫内膜异位症、女性盆底泌尿功能障碍、异常子宫出血、多囊卵巢综合征，围绝经期综合症、不孕症、生殖道畸形等拥有强大的专业技术团队与经验。
2、产科
中山市博爱医院产科是中山市十五规划的重点专科，中山市妇产科医师培训基地，也是中山市规模最大的产科专业科室。在全国率先推出“分娩全程‘一对一’陪产服务”，并作为一种新的陪产制度在全省推广。2000年成立的“产前诊断中心”能成功地筛查出有缺陷的胎儿。目前，产科开展的母婴同室、哺乳指导、婴儿按摩、新生儿游泳、婴儿出生摄像纪念光碟、产后随访以及温馨月子中心服务等深受群众欢迎。
3、儿科
中山市博爱医院儿科从成立至今一直代表着市儿科疾病的诊治和抢救水准，是中山市规模最大的儿科专业科室。由15名儿科专业临床经验丰富、技术水平高的中高级医护人员组成的技术队伍为医疗活动提供了保证。科内设有呼吸专科、消化专科、肾病专科、神经专科和心血管专科，小儿急救是该科的重点专科。
4、儿童保健科
中山市博爱医院儿童保健科是集科研、教学、临床为一体的儿童保健工作执行和业务指导机构，承担着对全市儿童保健医务人员的业务培训及指导，先后被授予中山市“青少年科普教育基地”， “广东省儿童心理卫生保健示范单位”、“广东省社区科普工作先进集体” “中山市智力残疾康复技术指导中心”。拥有耳声发射听力筛查仪、视力筛查仪、骨强度测量仪、营养分析评价软件、以及弱视治疗仪、脑电生物反馈治疗仪等一批先进的仪器设备。
5、新生儿科
中山市博爱医院新生儿科诊疗水平接近国内先进，省内领先，是中山市规模最大，梯队建设完善的新生儿急救中心，开展了国内新生专业所开展的绝大部分临床诊治项目，规模和功能均为中山市最大的新生儿专科。同时是中山市唯一能完成食道闭锁、膈疝、巨大脐膨出等疑难复杂先天畸形的单位，承担了先天性膈疝、先天性腹裂、先天性肠闭锁、肠狭窄等严重发育畸形术后管理，效果显着，极少发生明显的术后并发症。