病理科全国医院排名为北京协和医院、复旦大学附属肿瘤医院、四川大学华西医院等。北京协和医院病理科是国家重点学科，是全国病理质量及评价指导中心；复旦大学附属肿瘤医院病理科曾连续10年位列《中国医院最佳专科声誉排行榜》全国病理学科第一名；四川大学华西医院病理科是国内规模最大的病理科之一。
第一名：北京协和医院-病理科
北京协和医院病理科的前身是北京协和医学院（PUMC）病理系，是北京协和医学院建立最早的学系之一。科室于2003年批准为国家重点学科。2009年被卫生部指定为全国病理质量及评价指导中心，北京市病理学精品课程，北京市优秀教学团队。病理科多年来在医疗、教学、科研等方面做了大量工作，其中多个方面处于国内领先地位。自建院以来病理病例总数已超过80万例，近年来每年都以10-15%的速度增加，超过35000例/年。
第二名：复旦大学附属肿瘤医院-病理科
复旦大学附属肿瘤医院病理科是新中国最早的病理科之一，目前是国家重点学科、卫生部临床重点学科、国家临床重点专科、上海市医学重点学科，也是上海市临床病理质量控制中心挂靠单位。2011-2020年连续10年位列《中国医院最佳专科声誉排行榜》全国病理学科第一名，2012-2020年连续9年获得上海市优秀医疗质量质控中心称号。2013年科室成为全国首个CNAS医学实验室认可的病理科。病理科是全国肿瘤病理最大的会诊中心。
第三名：四川大学华西医院-病理科
四川大学华西医院病理科/华西临床医学院病理教研室集医疗、教学、科研工作于一体，是国内规模最大的病理科之一，是建设中的国家临床重点专科之一，是国家卫生主管部门授牌的全国三个区域性病理会诊中心之一，每年接收院外会诊逾万例；开展了骨与软组织病理、乳腺病理、胃肠病理、泌尿生殖病理、血液病理、神经病理、眼科病理、肾脏病理、呼吸系统病理等亚专业工作。
第四名：中国人民解放军总医院-病理科
解放军总医院第一医学中心病理科，原为中国人民解放军总医院（也称301医院）病理科。承担了全院3700余张病床的病理诊断工作。在复旦大学医院管理研究所主持的中国医院专科声誉排行榜病理科排行中，该科连续多年排名第四（2009年-2019年），享誉国内病理界。工作量居全国前列，是北京市所有医院中唯一年病理标本例数超10万例次（除细胞学）的单位。科室是国内首个开展FISH检测单位、全国分子病理检测示范实验室单位、北京市质控中心分子病理质控组组长单位。
第五名：陆军军医大学第一附属医院-病理科
陆军军医大学病理学研究所由基础医学部病理学教研室与西南医院病理科合并组建而成，现已发展成具有一定规模和优势的临床病理科室。现为全军临床病理专科中心、第三军医大学病理会诊中心和重点学科，是全国病理学委员会常委、中国病理科医师协会常委、中国病理学工作者委员会副主任委员单位和全军病理学专委会候任主任委员单位，是军队和重庆市精品课程建设单位。
第六名：南方医科大学南方医院-病理科
南方医院病理科是广东省A类重点学科、广东省分子肿瘤病理学重点实验室、教育部及广东省重大疾病转录组和蛋白组学重点实验室所在单位，作为作为广东省四大超大型综合性医院和“全国百佳医院”的基础诊断学科，综合实力强，病理诊断技术全面，以给患者提供高质量的技术服务著称。2006年被卫生部评定为国家级病理医师培训基地。
第七名：北京大学第三医院-病理科
北京大学第三医院病理科是国家临床重点专科，是全国大型的疑难病例病理诊断中心之一。是临床病理工作水平位于全国领先的综合学科。病理科于2004年成为第一批国家级继续教育基地；2006年，首批入选北京市住院医师规范化培训临床病理专科基地；2010 年底，首批入选“国家临床重点病理专科建设项目”。病理科下属的分子病理实验室，是我国第一批获得卫生部临检中心认证的临床基因扩增检验实验室。同时也是国家卫健委病理质控评价中心（PQCC）示范实验室和北京市重点实验室。
第八名：空军军医大学西京医院-病理科
西京医院病理科是病理学与病理生理学国家重点学科、211工程重点建设学科、博士学位授予学科、博士后流动站、长江学者特聘教授设岗学科、基础医学博士后流动站、肿瘤生物学国家重点实验室组成学科、陕西省疑难病理会诊中心及国家病理质控中心“分子病理示范实验室。”连续九年在复旦大学医院管理研究所学科排行榜肿排名前十。全军首家、全国第二家获得中国合格评定国家认可委员会（CNAS）认可的病理科。
第九名：中南大学湘雅医院-病理科
中南大学湘雅医院病理科是国家重点学科之一，2006年病理科被卫生部评定为国家级临床病理诊断医师培训基地，2011年获得国家卫生部首届临床重点专科建设，在省内外病理学界拥有较高的声望。 病理科作为临床基础科室承担着全院的临床病理诊断、疑难病理诊断、院外疑难病理会诊、健康体检和教学科研等工作，现已成为省内病理诊断、教学与科研人才培养基地，总体实力居省内先进行列。
第十名：中山大学附属第一医院-病理科
中山大学附属第一医院病理科集教学、科研和临床病理诊断为一体，是华南地区综合医院最大单位之一，现为中华医学会病理学分会副主任委员单位、广东省临床病理质量控制中心挂靠单位、广东省病理会诊中心、广东省远程病理会诊中心，是首批国家临床重点专科、国家住院医师规范化培训示范基地。