重庆呼吸科比较好的医院是陆军军医大学第一附属医院、重庆医科大学附属第一医院、陆军军医大学新桥医院，陆军军医大学第一附属医院呼吸科的诊疗水平处于西南地区领先地位，自行研制的改良Abrams胸膜活检针，得胸膜活检技术迅速在全国范围内得以推广。重庆医科大学附属第一医院、陆军军医大学新桥医院的呼吸内科均为国家临床重点专科。
第一名：陆军军医大学第一附属医院-呼吸科
陆军军医大学第一附属医院呼吸科，是一个技术力量雄厚，学术梯队合理，集医疗、教学、科研为一体的综合性临床学科，临床医疗水平处于西南地区领先地位，尤其是自行研制的改良Abrams胸膜活检针，在临床胸膜腔疾病的诊断中得到了广泛应用，大大提高了胸膜腔疾病的阳性诊断率，使得胸膜活检技术迅速在全国范围内得以推广，遍及全国20多个省、市、自治区。
第二名：重庆医科大学附属第一医院-呼吸内科
重庆医科大学附属第一医院呼吸内科是国内历史最为悠久的呼吸病专科之一，现已成为集医疗、科研、教学为一体的特色鲜明、优势突出的呼吸专科。现为国家临床重点专科，国家呼吸与危重症医学（PCCM）学科规范化建设优秀单位，含国家级住培、专培、专修及5个单修基地（为重庆市第一），国家呼吸临床研究中心核心单位，国家药物临床试验机构（呼吸专业及结核专业）。全国巾帼文明岗单位，中国医师协会呼吸内镜医师培训基地（重庆市唯一），重庆市教委重点学科，重庆市医学重点学科，重庆市呼吸内科医疗质量控制中心。
第三名：陆军军医大学新桥医院-呼吸内科
陆军军医大学新桥医院呼吸内科是国家重点学科、国家临床重点专科军队建设项目、国家呼吸专业继教基地、国家药物临床试验机构专业点、全军呼吸病研究所、全军“重中之重”建设学科、全国PCCM科规范化建设项目示范单位、重庆市呼吸疾病临床医学研究中心、重庆市高校重点学科、重庆市医学领先学科；呼吸专业硕士、博士学位授权点和临床医学博士后流动站点学科。学科是重庆市医学会呼吸病学专委会主任委员单位，是重庆市哮喘联盟、重庆市肺癌联盟、重庆市慢阻肺联盟、重庆市基层呼吸疾病防治联盟等主席单位。学科展开床位174张，其中RICU床位15张。
第四名：重庆大坪医院-呼吸内科
重庆大坪医院呼吸内科共获得863重大项目分课题1项，国家自然基金课题12项，重庆市及院校科学基金资助课题10余项。近5年发表学术论文近百篇，SCI论文近20余篇，主编或参编专著近10部，获军队科技进步二等奖2项、三等奖3项，获国家发明专利、新型实用专利等40余项。此外，获得中国医师协会呼吸分会“全国优秀中青年呼吸医师”奖，重庆市医师协会呼吸分会“重庆市优秀呼吸医师”奖，中国临床肿瘤学会“最具潜力青年肿瘤医生”等荣誉。
第五名：重庆医科大学附属第二医院-呼吸内科
重庆医科大学附属第二医院呼吸内科是国家临床重点专科、国家呼吸与危重症医学（PCCM）专科医师培训基地、国家临床药品试验基地、重庆市重点学科、重庆市“呼吸危重症医学研究中心”、中华医学会呼吸分会全国委员单位、重庆市首批医学领军人才单位，在重症肺炎、急性呼吸窘迫综合症等呼吸危重症救治达到国内先进水平；在肺癌、肺结核的微创介入技术达国内先进水平，技术实力及服务质量名列西南地区前茅。
第六名：重庆市人民医院-呼吸与危重症医学科
重庆市人民医院呼吸与危重症医学科，为重庆市卫生系统首个全国青年文明号单位，先后获评重庆市临床重点专科、重庆市呼吸疾病研究室等，为国家呼吸与危重症医学科规范化建设优秀单位，全国首批呼吸康复单修基地和呼吸与危重症医学专修基地。经支气管单向活瓣相关诊疗技术实现了西南地区的“水平第一，例数第一”双领先，难治性气胸、巨大肺大疱控制性消减等技术更是达到了世界先进水平。
第七名：重庆市公共卫生医疗救治中心-呼吸老年科
重庆市公共卫生医疗救治中心呼吸老年科，是集呼吸、危重症、老年内科常见病、老年人综合用药、健康及围手术期管理为一体的综合性学科。科室配备了进口设备以及专业的技术人才，在慢性阻塞性肺疾病、呼吸系统感染与危急重症、肺癌、支气管哮喘等老年问题的治疗及处理等方面独具特色。