河南省中医药研究院附属医院擅长心血管科、疼痛风湿病科、肿瘤科、针灸科、内分泌科等。这些科室设备齐全、技术力量雄厚，可以为患者提供高水平的治疗。
1、心血管科
河南省中医药研究院附属医院心血管科是国家中医临床重点专科，心血管科（心病科）擅长诊治冠心病（心肌缺血、心绞痛、心肌梗死），高血压，心律失常（早搏、心房颤动、病窦综合征等）及心力衰竭。运用血管功能检测仪、彩超、64排CT等及早检测血管功能和结构变化，中西结合有效防治冠心病，尤其是冠脉血运重建（搭桥、支架）后心绞痛、微血管性心绞痛。
2、疼痛风湿病科
河南省中医药研究院附属医院疼痛风湿病科是省中医管理局重点专科，在中西医结合的基础之上，充分发挥中医药特色优势，在颈、腰椎间盘突出症术后、产后、脑卒中后遗症、脊髓损伤等疾病治疗与康复方面优势突出。
3、肿瘤科
河南省中医药研究院附属医院肿瘤科是国家中医临床重点专科，科室紧紧围绕内科癌病（肝癌、肺癌、胃癌、卵巢癌）四个重点病种为研究方向，以突出中医特色，提高临床疗效为核心，开展了卓有成效的临床诊治和科学研究工作。开展多种有疗效优势的中医药治疗肿瘤，如传统中医药的丸、散、膏和穴位外敷、针灸、外洗等治疗等。
4、针灸科
河南省中医药研究院附属医院针灸科是省中医管理局重点专科，特色病种中风偏瘫、面瘫、三叉神经痛、头痛、颈椎病、腰椎病、肩周炎、风湿性关节炎、软组织损伤、失眠、焦虑症、抑郁症、强迫症、发作性睡病、恐惧症、惊恐发作、疑病症、躯体形式障碍等各种精神情感障碍类疾病及各种脑病。针灸科自行研制脑栓通片，治疗中风后遗症、脑萎缩、偏瘫等疾病，疗效显著；研制通络祛痛丸，治疗颈、腰酸痛为主，肢体屈伸不利或麻木等症状。
5、内分泌科
河南省中医药研究院附属医院内分泌科是省中医管理局重点专科，运用中西医结合治疗糖尿病及其并发症甲状腺疾病等有丰富经验，开展了糖尿病患者系列科普讲座、糖尿病个体化辨证分型与辨证施膳、24小时糖尿病电话咨询服务科室等新的技术和服务。