中国人民解放军总医院擅长的科室有泌尿外科、肾脏病科、内分泌科、骨科、烧伤科等，这些科室设备齐全、技术力量雄厚，可以为患者提供高水平的治疗。
1、泌尿外科
科室是全军和全国领先、国际一流的泌尿外科中心，获复旦版《2021年度中国专科声誉排行榜》全国第2。学部培养了数千余名国内外泌尿外科专科医师，包括欧洲知名大学泌尿外科主任。先后承担国家863项目、国家“十一五”计划科技支撑项目等国家级重点课题40余项。
2、肾脏病科
是国家肾病学专业医疗质量管理与控制中心“五位一体”的国际一流、国内领先的学科。作为国内外规模最大的肾脏病诊疗中心，拥有我国肾脏病领域唯一的国家重点实验室，具备国际一流的肾脏病科研条件和设备。
3、内分泌科
为北京重点学科，先后被批准为全军内分泌代谢病重点实验室、国家新药临床研究中心，共获军队科技进步二等奖3项，省部级科技进步奖4项。
4、骨科
为全军最大的骨科专科中心，还是全国唯一的骨科与运动康复临床医学研究中心。在“中国医院科技影响力(骨科学)”排行榜中排名第一。拥有MAKO机器人、手术显微镜等国际顶级设备，全面保障精准医疗和前沿技术的开展。
5、烧伤科
是我国组建最早的烧伤专科之一，由我国烧伤医学的奠基者、中国工程院院士盛志勇教授创建，是集专科救治、科学研究、成果转化、人才培养于一体的国家重点学科、国家重点临床专科，目前形成了烧伤、创面、整形和康复各专科协调发展的良好局面。
除此之外，传染感染科、放射科、呼吸科、肝胆胰外科、普通外科、风湿免疫科、麻醉科、神经内科、神经外科、检验科、核医学科、超声医学科、急诊医学科、结合病科、老年医学科、耳鼻喉科、病理科、健康管理科等也比较推荐，均是国家的重点学科，患者可根据自身情况选择合适的科室就诊。