联勤保障部队第九九〇医院擅长的科室有神经内科、血液内科、泌尿外科、心胸外科、肿瘤科等。
1、神经内科
联勤保障部队第九九〇医院神经内科为济南军区神经内科中心。科室设备齐全，医疗设备配套，拥有视频脑电图、经颅多普勒、脑窥镜、太空仓、重症病人监护系统、无创血压血氧监测仪等先进齐备，在脑梗死、脑出血、蛛网膜下腔出血、脑炎脑膜炎、脑蛛网膜炎等大多数神经科疾病的救治方面和新技术的临床应用已达军区乃至国内领先水平。先后14次被分部或联勤部评为达标先进单位，2次被联勤部授予护理工作先进单位。
2、血液内科
联勤保障部队第九六〇医院血液内科组建于1987年，2000年血液病成为济南军区血液病诊疗中心，是泰山医学院和辽宁医学院硕士学位授权点。1994年以来实施自体、同、异基因造血干细胞移植、非亲缘造血干细胞移植等，治疗各种造血系统肿瘤和再生障碍性贫血近200例，取得较满意的疗效。在山东省内及济南军区居领先地位，部分达到国内军内先进水平。近年来造血干细胞移植患者平均60例／年，在军区总医院名列第一。
3、泌尿外科
联勤保障部队第九九〇医院泌尿外科是济南军区及河南省知名度较高的专业学科，现为济南军区泌尿外科中心。其医疗技术精湛、医疗设备先进、医疗服务高端，以微创技术为重点，泌尿微创技术水平在国内处领先地位。科室在治疗危重、疑难病人和高难手术方面亦具有丰富的临床经验，在军内外有较高的知名度。率先在豫南地区开设男科诊疗中心，对急慢性前列腺炎、尿道炎、性功能障碍等男科疾病的诊断治疗有丰富的临床经验。
4、心胸外科
联勤保障部队第九九〇医院心胸外科为医院的列编科室。设有急救室和重症监护病房（ICU），尤其是重症监护病房设备先进，为全院最完善的重症监护病房。科室在治疗食管癌、食管良性肿瘤、贲门癌、肺部肿瘤等各类胸外科疾病方面有着成熟的技术和经验。多项手术填补了驻马店地区的空白，如胸廓畸形的矫正术、高位食管癌的全喉等。在豫南区率先开展手术治疗先天性心脏病的工作，到目前为止，无一例并发症发生。
5、肿瘤科
联勤保障部队第九九〇医院肿瘤科为豫南首家设备配套齐全、技术力量完备的肿瘤诊治中心，由放疗中心、碎石中心、高压氧室、理疗室及康复病房5个单元组成。拥有大量大型尖端医疗设备，如电子直线加速器、体部“X-刀”、钴-60治疗机等，其数量、质量居豫南之首，综合诊治能力跻身省组医院行列。科室开展新业务、新技术16项，其中体部“X-刀”、半射照射技术居省内领先水平，在群众中享有良好的声誉，吸引了省内外大量患者。
