驻马店市中心医院擅长神经内科、心血管内科、骨科、神经外科等。这些科室设备齐全、技术力量雄厚，可以为患者提供高水平的治疗。
1、神经内科
驻马店市中心医院神经内科是重点学科，现有脑血管病、癫痫与发作性疾病、帕金森与运动障碍疾病、神经免疫及神经肌肉疾病等亚专业学组。科室配有现代化医疗设备和康复设备：视频脑电检测仪、多功能心电监护仪、脑循环治疗仪、电子生物反馈治疗仪、言语吞咽功能治疗仪、电子冰帽冰毯、超声波治疗仪、排痰机、气压治疗仪等多台诊疗设备。
2、心血管内科
驻马店市中心医院心血管内科是重点学科，主要治疗冠心病（心绞痛、心肌梗死）、高血压病、风湿性心脏病、先天性心脏病、各种原因心功能不全、心律失常、肺动脉高压、肺栓塞及外周大血管病变。科室开展了冠状动脉造影术、经皮冠状动脉成形术及支架植入术、急性心肌梗死急诊介入治疗、冠状动脉内血栓抽吸术、冠状动脉血管内超声检查，临时及永久起搏器植入术、大动脉夹层支架植入术及各种外周血管病变的介入治疗。
3、骨科
驻马店市中心医院骨科是重点学科，骨科专业特色鲜明，重点特色技术项目如在四肢、关节周围骨折的治疗，骨盆髋臼及髋关节周围骨折的治疗，小儿四肢骨干及干骺端骨折的微创治疗，四肢神经、血管、肌腱损伤的修复等创伤骨科、小儿骨科及显微外科相关疾病的诊治。
4、神经外科
驻马店市中心医院神经外科是重点学科，科室在脑血管病、颈内动脉狭窄、各种颅内肿瘤和脊髓肿瘤、功能神经外科疾病等手术治疗方面具有丰富的临床经验。在河南省较先开展了三叉神经痛、面肌痉挛显微血管减压术等。