福州呼吸内科医院排名比较靠前的是福建医科大学附属第一医院、福建医科大学附属协和医院、福建省立医院。
福建医科大学附属第一医院呼吸与危重症医学科拥有多项国家级资质，是多所科研平台挂靠单位，诊疗水平居省内前茅，科研成果丰硕。福建医科大学附属协和医院呼吸科是省内呼吸疾病诊疗核心单位，诊疗技术全面，在多种呼吸疾病诊治上经验丰富，深得患者信赖。福建省立医院呼吸内科是国家临床重点专科建设单位，亚专科体系完善，应对突发公共卫生事件能力突出，综合实力位居全国前列。
1.福建医科大学附属第一医院 呼吸与危重症医学科
福建医科大学附属第一医院呼吸与危重症医学科是国家首批PCCM规范化建设优秀单位、国家级专科医师规范化培训基地、省级临床重点专科，挂靠福建医科大学呼吸系病研究所等多个科研教学平台，连续6年获复旦专科声誉排行榜（华东区）提名，获评“人文爱心科室”。
科室诊疗特色鲜明，在睡眠呼吸障碍、肺血管疾病、呼吸危重症等领域水平居省内前茅，开设多个专病门诊及诊疗实验室。
2.福建医科大学附属协和医院 呼吸科
福建医科大学附属协和医院呼吸科是我省呼吸疾病诊疗、教学和科研的重要单位，作为省级临床重点专科老年医学科核心成员，诊疗设备先进，开展多种高端呼吸介入诊疗操作。
科室在肺癌、慢阻肺、哮喘等疾病的基础及临床研究成果显著，诊疗范围覆盖各类呼吸疾病，尤其擅长呼吸介入、肺部感染、肺癌全程管理等，服务优质，深受患者信赖。
3.福建省立医院 呼吸内科
福建省立医院呼吸内科是国家临床重点专科建设单位、国家呼吸区域医疗中心，挂靠多个省级、国家级平台，多次获复旦专科声誉排行榜提名，STEM排行榜位列全国第27名。
学科亚专科体系完善，在呼吸道感染、呼吸危重症、呼吸内镜诊疗等方面实力强劲，具备快速病原学检测能力，重症救治技术领先并获省级比赛团队第一名。
4.福建医科大学附属福州市第一总医院 呼吸与危重症医学科
福建医科大学附属福州市第一总医院呼吸与危重症医学科该是福州市重点学科、市卫健委临床重点专科及呼吸内镜医学中心，也是福建省住院医师规范化培训基地及硕士研究生培养基地。
科室配备多种先进诊疗设备，综合实力强劲，重点围绕呼吸危重症、肺癌介入、感染性疾病、慢性气道疾病等方向开展工作，是福州市呼吸界技术力量最强的科室之一。
5.福建省第二人民医院 中西医结合呼吸内科
福建省第二人民医院中西医结合呼吸内科是国内首个中医系统创建的PCCM科，国家中西医结合医学中心分中心、省级临床重点专科，挂靠多个省级学会及研究平台，拥有国医大师传承工作室。
学科以中西医结合为核心特色，分为四个亚专业组，擅长呼吸危重症救治、慢性气道疾病诊治等，独创2个院内制剂，牵头制定“鼾症中医诊疗专家共识”，成立省内首家中西医结合咳喘管理中心。
