合肥市滨湖医院擅长脊柱骨科、肛肠科、神经外科、耳鼻咽喉科、感染性疾病科。上述科室学科综合实力领先，临床专科诊治优势突出，能够为患者提供优质的医疗服务。
1、脊柱骨科
系安徽医科大学临床专业硕士研究生点，安徽省住院医师规范化培训基地。目前形成了颈椎病、腰椎间盘突出症、腰椎管狭窄症、韧带骨化疾病、脊柱畸形、脊柱结核、脊柱微创手术等多方面的医疗特色，均达到了全国先进水平。
2、肛肠科
是省级重点中医专科，是安徽省技术力量较强大的肛肠外科。其中排粪造影技术、结肠传输试验技术、肛瘘镜治疗技术、肛瘘栓、腔镜直肠巨大息肉切除技术、复杂肛内异物取出术、肛门成形术、肛周脓肿根治术等治疗方法全省领先。
3、神经外科
现为合肥市第六周期医学重点专科-特色专科。拥有各种先进诊疗设备，在全省较早成立的神经外科重症监护病房。立足于颅脑外伤、高血压脑出血、数字化颅骨成型术、神经系统肿瘤、先天性疾病以及脑血管病的诊治，多项技术处于省内先进水平。
4、耳鼻咽喉科
是合肥市医学会耳鼻喉科分会副主委单位。技术力量雄厚，擅长鼻眼相关手术、中耳显微手术、无创耳廓矫形技术等，在外周性眩晕及耳聋遗传咨询等疾病综合诊治等方面均处于市级医院先进水平。
5、感染性疾病科
承担感染性疾病的临床诊疗及科研教学，同时承担院内抗菌药物规范应用的指导、会诊、转诊等一系列任务。擅长病毒性肝炎、黄疸待查、出血热、麻疹等的诊治。形成了以肝病治疗为基础、以感染性疾病治疗为特色的专业学科。