苏北人民医院擅长的科室有心血管内科、消化科、血液科、骨科、妇产科等。
1、心血管内科
苏北人民医院心血管内科，在冠心病、心律失常、高血压、心力衰竭、结构性心脏病以及心肌病等方面具有丰富的救治经验。科室已常规开展心脏起搏器植入术、心脏电生理检查及射频消融术、先天性心脏病介入封堵术、肥厚性心肌病化学消融术；在先天性心脏病室间隔缺损、房间隔缺损、动脉导管未闭封堵、二尖瓣狭窄球囊扩张、肥厚性梗阻型心肌病的化学消融等方面积累了丰富经验。
2、消化科
苏北人民医院消化科在江苏省省内率先进行了三级分科，分为胃肠内科、肝病科、胆胰科，引入多学科协作和整体医学模式的理念，将消化内科的肝胆胰组与普外科肝胆外科进行了科室的融合，真正意义上实现了医疗技术精细化，医疗服务整体化，肝癌和胃肠肿瘤MDT诊治模式已建立。特别是在消化内镜治疗、肝病门脉高压治疗、中西医结合消化病实验研究等方面在省内均有一定的知名度，并已形成学科特色与优势技术。
3、血液科
苏北人民医院血液科，形成出血与血栓、恶性血液病、干细胞移植、免疫血液学等四个固定的亚专科临床与基础研究方向。血液科常年收治血栓与出血、各类贫血、再生障碍性贫血、急慢性白血病、恶性淋巴瘤、多发性骨髓瘤等良恶性血液病、不明原因发热等疾病。2000年以来成熟开展自体造血干细胞移植、间充质干细胞移植治疗恶性淋巴瘤及自身免疫性等疾病。
4、骨科
苏北人民医院骨科，配备有苏北地区最先进的进口专科医用设备，如关节镜、等离子刀、椎间盘镜、C型臂机、骨科牵引床、多功能心电监护仪、显微镜、关节功能训练仪、床边X光机等。科室专科特色明显，在创伤、脊柱、骨质疏松的诊治等方面在省内享有一定的地位。近年来诊治骨关节损伤患者10余万例，对于复杂创伤骨折（骨盆髋臼骨折、关节内骨折、陈旧骨折、骨不连）、脊柱骨折滑脱、人工关节置换等，积累了大量临床经验和研究成果。
5、妇产科
苏北人民医院妇产科分为妇科和产科。其中，产科拥有一体化产床、彩超、产科中央监护系统等先进的仪器设备。妇科已逐步形成突出的专科特色，主要有妇科肿瘤、普通妇科、妇科内镜、妇科放疗、妇科内分泌、宫颈病变门诊、计划生育门诊。科室建立并推广妇科肿瘤的规范化诊治。产科在处理妊娠合并糖尿病、肾病、子痫、ICP、羊水栓塞等严重并发症及产后大出血并发DIC方面有较强的技术优势。