南京小儿感染科医院排名比较靠前的是南京市儿童医院、南京医科大学第一附属医院、南京鼓楼医院。
南京市儿童医院感染疾病科是江苏省首家儿童感染专科，省内儿童传染病与公共卫生事件救治核心科室，专科特色鲜明、区域影响力突出。南京医科大学第一附属医院儿科是省级临床重点专科，新生儿危急重症救治指导中心，亚专科齐全、高精尖技术全面，综合诊疗实力省内顶尖。南京鼓楼医院儿科是综合实力强、学科齐全的三甲医院重点科室，儿童常见病、疑难病诊疗水平省内领先。
1.南京市儿童医院 感染疾病科
南京市儿童医院感染疾病科是江苏省首家儿童感染专科，长期承担省内及周边地区儿科公共卫生事件救治任务，荣获南京市重点专科、工人先锋号、全市抗击新冠肺炎疫情先进集体等称号。科室开设省内最早的儿童预防接种评估门诊，是南京及周边儿童传染病救治中心。承担多项国家级、省市级课题，近五年出版专著三部，获多项专利及南京市政府科技进步三等奖，每年发表多篇SCI及核心期刊论文，在儿童感染性疾病诊疗、预防接种评估及公共卫生应急救治方面具有较高全国知名度与影响力。
2.南京医科大学第一附属医院 儿科
南京医科大学第一附属医院儿科是江苏省临床重点专科、省级新生儿危急重症救治中心，为博士、硕士学位授予点及博士后流动站点。拥有江苏省重点人才、医学创新团队等高层次人才，涵盖新生儿、血液肿瘤、重症、罕见病等11个亚专业，开展ECMO、CRRT、造血干细胞移植等多项高精尖技术，实现疑难危重疾病托底救治。承担多项国家自然科学基金课题，发表数百篇高水平论文，主编多部儿科专著，荣获多项省市级科技成果与新技术引进奖，综合实力省内领先。
3.南京鼓楼医院 儿科
南京鼓楼医院儿科依托三甲综合医院雄厚平台，集临床、教学、科研、儿童保健于一体，以儿童呼吸、肾脏、风湿免疫、内分泌及新生儿为特色优势。科室拥有硕士生导师、博士后、博士等高层次人才，诊疗规范、技术成熟，秉承“鼓医博爱，精湛高雅”院训，专注儿科常见病、多发病及特色专科疾病诊疗，为患儿提供优质、安全、高效的医疗服务，是区域内值得信赖的儿科诊疗科室。
4.东南大学附属中大医院 儿科
东南大学附属中大医院儿科是江苏省临床重点专科，获江苏省巾帼示范岗、青年文明号称号，为东南大学儿科学系与儿科医学研究所。科室以危重新生儿转运救治、早产儿视网膜病筛查、儿童行为发育康复为特色，荣获教育部、江苏省多项科技成果奖，与德国乌尔姆大学医学院长期学术交流。在新生儿重症救治、儿童神经康复、呼吸过敏性疾病等领域实力雄厚，是集医疗、教学、科研于一体的综合性儿科强科。
5.东部战区总医院 儿科
东部战区总医院儿科是全军儿童肾脏病创新研究基地，儿童肾脏病诊疗水平全国领先，为全国及省儿童肾脏学组组长单位。国内最早开展儿童肾穿刺活检，病例数国内领先，牵头修订全国儿童肾病诊疗方案，曾获央视新闻联播报道。近十年获全军医疗成果二等奖、中华中医药学会科技进步二等奖等多项奖励，承担国家自然科学基金等多项课题，是南京大学、南方医科大学博硕士培养点，临床、科研、教学均位居全国儿科前列。
