复旦大学附属妇产科医院擅长妇科、产科、生殖医学科、乳腺外科、泌尿外科。科室诊治技术和规模上均已达到国内先进水平，患者可自行就医治疗。
1、妇科
是上海市第一家腹腔镜及宫腔镜应用于妇科临床的单位，最早开展妇科肿瘤临床治疗及宫颈疾病筛查的医院。年手术量1.8万例左右，其中妇科恶性肿瘤手术2000例左右，是首批妇科国家临床重点专科。
2、产科
产科组建了一支以亚专科为核心的强大的学术队伍，着眼于母体病理产科、普通生理产科、产前诊断和胎儿医学科三大亚专科发展和建设，形成了临床-科研-教学一体化的运转模式。在科室团队的努力下在行业内始终保持领先态势，走在全国产科的前列。
3、生殖医学科
涵盖辅助生殖、生殖遗传、妇科内分泌、精子库、男科等专业领域，为不孕不育夫妇提供全方位的生育指导及助孕技术，为患家族遗传病、生育出生缺陷儿的家庭提供优生的遗传咨询服务。中心和临床部相辅相成的密切配合，对于提高地区不孕症的诊疗水平起到了积极作用。
4、乳腺外科
以学科建设为体，以临床诊疗为用，注重专业人才培养，致力于女性乳腺健康多学科个体化全程管理。成立的红房子乳腺疾病防治联盟通过医联体多学科讨论、远程会诊等方式，将先进的诊疗技术与理念辐射至全国。
5、泌尿外科
依托于复旦大学附属妇产科医院在临床医学领域的国内高水平诊疗优势，在男性不育症、男性性功能障碍等疾病诊断、治疗方面拥有丰富的经验。为复旦大学妇产科医院、复旦大学人类精子库和上海市生育力保存中心提供强有力的泌尿外科技术支撑。