甘肃省中医院擅长骨伤科、脾胃病科、老年病科、脑病科、中医血液科等。
1、骨伤科
甘肃省中医院骨伤科目前是国家临床重点专科、国家中医药管理局重点学科/重点专科、国家中医药管理局第一批重点研究室、中华中医药学会骨伤名科、甘肃省骨伤科临床医学中心、甘肃省重点学科，是甘肃省骨科临床、科研、教学的中心，也是西北地区目前最大的骨伤科临床基地，在诊疗水平上将达到西北地区领先水平，国内先进水平。
2、脾胃病科
甘肃省中医院脾胃病科是国家医学临床重点专科、国家中医药管理局重点专科。科室把肝纤维化、肝硬化、萎缩性胃炎、消化性溃疡、消化道大出血、溃疡性结肠炎、急性重症胰腺炎等疾病的中西医治疗作为主攻目标。目前对消化系统常见病形成了一整套有特色优势的诊疗方案，诊治方面有独特治疗手段及专病专药。
3、老年病科
甘肃省中医院老年病科已形成了具有中医特色突出的融医、教、研于一体的重点临床科室和干部预防保健基地，是“国家中医药管理局‘十二五’重点专科建设单位”、“国家药物临床试验基地”、“国家‘973’项目协作单位”、“国家中医药管理局重点专科老年失眠协作组牵头单位”、“甘肃省重点学科”、“甘肃省中医药管理局中医重点专科”等。
4、脑病科
甘肃省中医院脑病科是卫生部中医专业临床重点专科、国家中医药管理局“十一五”脑病重点专科、甘肃省临床医学重点学科和甘肃省中医管理局中医重点专科、甘肃中医学院中西医结合及方剂学硕士研究生培养点等。科室配有高压氧治疗中心、视频脑电图工作站等专科诊疗设备，建有设备先进的康复室，为神经系统疾病的诊断、治疗和康复提供了可靠的保证。
5、中医血液科
甘肃省中医院中医血液科是“国家中医药管理局十二五中医血液病重点学科”、“甘肃省中医药管理局十三五重点专科”。科室拥有独立的专病门诊（贫血门诊、多发性骨髓瘤门诊）、实验室（血液病研究所）、骨髓造血干细胞移植病房以及中医血液学教学组、中医适宜技术研究中心，是集临床、教学、科研为一体的专业科室。