四川省肿瘤医院擅长乳腺科、胃外科、肝胆胰外科、肿瘤内科、头颈外科，这些科室学科特色鲜明，优势明显，可为患者提供高水平、高质量的诊疗服务。
1、乳腺科
在省内率先成立，目前是省内最大的以乳腺癌预防、治疗、康复等为一体的乳腺专科，国内早期、省内率先开展乳腺癌保乳和腋窝前哨淋巴结活检术的乳腺专科之一，临床水平在省内具有较大的影响力。科室长期与肿瘤研究所合作开展乳腺癌相关机制的基础研究，学科水平达到国内先进水平，同时在临床研究中也处于国内领先水平。
2、胃外科
为四川省胃部肿瘤医疗、教学、科研、预防、康复“五位一体”的中坚力量，是四川省医学甲级重点学科（腹部肿瘤外科）、中国医师协会消化系统肿瘤多学科诊疗（MDT）中心、中国临床肿瘤学会国家级肿瘤患者营养指导中心、中国抗癌协会胃癌科普教育基地。科室率先在省内开展标准的胃癌根治术，胃癌微创手术跻身全国领先水平。
3、肝胆胰外科
是全国首批“肝癌规范化诊疗”质量控制试点单位、全国肝癌围手术期快速康复标准病房；省级重点学科腹部肿瘤外科的重要构成部分。腹腔镜下肝、胆、胰微创治疗是科室特色技术之一，并开展腹腔镜及机器人肝切除、腹腔镜胰十二指肠切除等国内外先进技术。
4、肿瘤内科
是四川省最早成立的学科之一，是四川省肿瘤内科学甲级重点学科。拥有血液淋巴瘤科、腹部肿瘤内科、胸部肿瘤内科等特色病区，获得卫生部医政司授予“卫生部癌痛规范化治疗示范病房”，经省卫计委评审为四川省乙级重点学科。
5、头颈外科
是该省首个头颈肿瘤外科，也是四川省卫计委及医院的省级医学甲级重点学科。作为该院及西部地区特色优势学科，是耳鼻咽喉头颈外科学国家级住院医师规范化培训基地，也是国家耳鼻咽喉疾病临床医学研究中心核心合作单位。同时还是西部地区单一学科开展头颈部肿瘤手术种类最齐全、数量最多、技术能力最强中心之一。
