暨南大学附属第一医院擅长的科室有神经内科、泌尿外科、眼科、医学影像中心、骨科等。
1、神经内科
暨南大学附属第一医院神经内科是省临床重点专科，拥有一支年富力强、医术精湛、学风严谨、道德高尚的高素质人才队伍，该科室在脑血管病、帕金森病、癫痫、眩晕等疾病诊治方面形成自己的特色专长，2012年获得广东省医学重点专科光荣称号，2020年被中宣部授予全国科普工作先进集体荣誉称号，在全国范围有很高的知名度。获中国产学研创新奖1项，广东省科学技术进步奖3项，广州市科学技术进步奖4项。
2、泌尿外科
暨南大学附属第一医院泌尿外科是广东省“五个一”工程重点学科。该科技术力量雄厚，设备先进，拥有体外震波碎石机、气压弹道碎石机、前列腺电切和气化设备等先进医疗设备。对泌尿系统常见疾病如泌尿系结石、肿瘤、外伤、前列腺增生症等手术治疗积累了丰富的临床经验。在泌尿男生殖系恶性肿瘤根治手术及肾极段切开取石治疗复杂肾结石等肾脏外科临床治疗方面，居国内领先水平。
3、眼科
暨南大学附属第一医院眼科是广东省临床重点专科，是集医疗、教学科研为一体的临床二级学科，拥有国内外顶尖眼科诊断及治疗设备，多种手术处于行业领先水平。1986年成为博士生培养基地，1991年成立眼科研究所，2003年获国务院侨办重点学科，2007年获第八轮广东省高等学校重点学科，2008年获暨南大学211工程三期重点建设学科。研究成果获得各级政府的奖励，包括国家科技进步二等奖，国家教委一、二等奖，国务院侨办一等奖等。
4、医学影像中心
暨南大学附属第一医院医学影像中心是广东省临床重点专科，广东省特色重点学科。科室专业设置齐全，集诊断与治疗为一体的综合临床科室，是医院医疗、教学、科研工作的重要组成部分。涵盖影像诊断科、血管介入科、核医学科、超声诊断科等4个二级专科。医院影像中心目前拥有全球一流的影响仪器设备。
5、骨科
暨南大学附属第一医院骨科，是南方肢体伤残功能重建的技术领先者与发源地，先后被评为广东省小儿麻痹后遗症矫治中心、全国小儿麻手术治疗先进集体，是广东省临床重点专科、广东省重点学科、广东省医师协会骨科分会主任委员单位及教育部人工器官及材料工程研究中心。该科室可开展各种复杂类型的髋、膝、肩、肘人工关节置换术、肢体严重畸形矫形术等各种骨科常规及复杂、精细手术。