江苏省淮安市第二人民医院擅长神经内科、肾脏内科、血液科、呼吸与危重症医学科、神经外科。上述科室高端人才荟萃、技术实力雄厚、医疗设施一流，患者可根据个人情况就诊。
1、神经内科
是省级临床重点专科，其中脑深部电刺激(DBS)治疗帕金森病技术在江苏省处于先进地位，同时脑血管病救治水平在本地区有很高的声誉，多次参与全国会议交流及举办神经介入手术演示全国直播。
2、肾脏内科
作为江苏省血液净化分会副主委单位、市肾脏病学会主委单位，科室能够处理肾病领域常见疾病，同时对于危重症肾脏病经验丰富，常规开展自体动静脉内瘘建立术、移植物内瘘建立术、长期导管置入术、疑难血管通路处理等操作。
3、血液科
是江苏省临床重点专科，重点开展各种类型造血干细胞移植，对移植后并发症的处理积累了丰富的经验，科室移植例数、并发症处理和治愈率位居省内三级医院前列，在本市及周边地区产生了较大的影响。
4、呼吸与危重症医学科
是省级重点专科，科室硬件设施堪称淮安市领先，能够完成江苏三级综合 医院及淮安市临床重点专科医院的所有技术项目，其中超声支气管镜诊疗技术为全市领先。
5、神经外科
是苏北地区较早成立的神经外科专科，目前为江苏省临床重点专科，专科设备齐全，是集医疗、教学、科研为一体的神经外科治疗中心，科室常规开展各种难度神经外科手术，其中脊柱脊髓手术、神经导航下精准肿瘤切除术等高难度显微外科手术成为科室特色。