乌兰察布市中心医院擅长的科室有神经内科、普外科、泌尿外科、心胸外科、康复医学科等。
1、神经内科
乌兰察布市中心医院神经内科，目前可使用的设备有螺旋CT、核磁共振、肌电图、脑电图、脑电地形图、24小时动态脑电图等。诊治各类型脑血管病、中枢神经系统感染性疾病（各类型脑膜炎、脑炎、脑脓肿、脑囊虫病）、癫痫、各类脊髓病等神经内科疾病。
2、普外科
乌兰察布市中心医院普外科，能够处理一些较复杂的疾病并开展一些高难度手术，开展了肝胆、胃肠、胰脾、甲乳及血管各专业疾病的诊治及手术。不但能够高质量完成普外科各专业常规手术如小切口不置引流的胆囊切除术等，对急腹症、门脉高压上消化道出血、急性坏死性胰腺炎、失血性休克等有成熟的临床经验，而且还能完成一些高难度手术。科室引进了微创，开展了腹腔镜胆囊、胆囊切除术及纤维胆道镜在胆道外科中的应用等新技术。
3、泌尿外科
乌兰察布市中心医院泌尿外科，拥有奥林巴斯膀胱镜、狼牌膀胱镜及输尿管镜等完善的专业检查设备。拥有德国科曼电切镜及影像系统、耳比电刀、体外震波碎石机等先进治疗设备。在肾上腺腺瘤、肾上腺嗜铬细胞瘤、各种原因肾积水、肾结核及复杂肾结石的手术治疗和保留肾单位肾部分切除术方面积累了丰富的经验。
4、心胸外科
乌兰察布市中心医院心胸外科，已开展房间隔缺损、室间隔缺损、动脉导管未闭、肺静脉畸形引流、法洛氏四联症、右室双出口、三尖瓣下移畸形、心内膜垫缺损、心脏肿瘤、风心病瓣膜手术、胸腹主动脉瘤切除人工血管移植术、冠状动脉搭桥等心脏血管手术，手术成功率达99%。
5、康复医学科
乌兰察布市中心医院康复医学科，引进欧洲WAB语言评测与治疗系统、洛文斯顿认知评测与治疗系统（美国）、平衡评定与治疗系统（以色列）、智能型步态分析和减重训练系统（日本），肌电生物反馈治疗技术（丹麦）、智能型等速训练技术和摄食-吞咽训练系统（德国）等多项高科技、智能型的康复技术与设备等。数十年来收治失语和摄食-吞咽障碍患者数百人，大部分患者恢复了语言功能，全部患者均去除了胃管，恢复了经口摄食能力。