北京市昌平区中西医结合医院擅长皮肤科、针灸科、脑病科、感染科、国医馆，这些科室都有着高超的诊疗技术，患者可根据自身需求选择。
1、皮肤科
是集临床、教学、科研为一体的皮肤性病诊疗中心。设有普通门诊、专家门诊、性病门诊、艾滋病咨询门诊，另有独立的紫外线光疗室、高能激光治疗室等，可为患者提供精准的诊疗服务。科室采取中西医结合方法治疗皮肤科常见病、多发病，取得了可喜成果，在广大患者中享有了良好的声誉。
2、针灸科
是具有中医传统特色的重点发展科室之一。科室以经验丰富的临床医师出诊为主，人员梯队合理，专业理论扎实，技术力量雄厚。运用针刺、艾灸、中药调理、刮痧、拔罐、药浴等多种中医绿色疗法，综合治疗中风后遗症、周围性面神经麻痹、月经不调、小儿食积等内、外、妇、儿各科常见病、多发病及各种疑难杂病，并取得满意疗效。
3、脑病科
是集医疗和科研于一体，拥有较高技术水平的现代化综合性科室。系北京市中医药管理局确定的重点建设专科。设有病房和门诊，配备有先进的诊疗设备，均由高年资的主治医师以上人员出诊，对脑病科的常见病、多发病、疑难病的诊治均有丰富的临床经验，可为患者提供高水平的诊疗服务。
4、感染科
是北京市昌平区中西医结合医院的重点学科。分设发热门急诊、肠道门急诊、肝病门诊三个区域，能够积极应对相关突发公共卫生事件，以保证重大传染性疾病防控应急预案的顺利实施，并且科室在各型致病原所致的感染性疾病的诊疗、不明原因发热的明确诊断及治疗、抗生素的规范应用等多领域均取得积极成果。
5、国医馆
是京北地区首家公立国医馆。科室邀请中国中医科学院、北京中医药大学、东直门医院等一大批全国知名中医专家出诊，每位出诊专家都各具专长，造诣深厚，有着丰富的临床经验，可为患者提供高质量、高水平的诊疗服务。
