新疆排名第一的眼科医院是新疆维吾尔自治区人民医院，该院眼科在全疆有着广泛协作资源和平台，具有多个亚专业，有较高声誉和影响力。其次是新疆医科大学一附属医院眼科和新疆医科大学第二附属医院眼科等。前者对各类疑难复杂眼部疾病的诊断及治疗已有相当丰富的临床经验和精湛的医疗技术；后者开展了一系列眼科科研项目，探索眼科领域的前沿技术和治疗方法。
第一名：新疆维吾尔自治区人民医院-眼科
新疆维吾尔自治区人民医院眼科在全疆有着广泛协作资源和平台，具有较高声誉和影响力，并与广州中山眼科中心建立密切的学术合作，常年有国内顶尖眼科专家眼科坐诊、手术。有白内障、青光眼、眼底病、眼外伤、眼表疾病、屈光及眼肌、小儿眼科，眼眶整形、葡萄膜病、神经眼科等亚专业。2017年率先在全疆开展日间手术。
第二名：新疆医科大学第一附属医院-眼科
新疆医科大学一附属医院眼科对各类疑难复杂眼部疾病的诊断及治疗已有相当丰富的临床经验和精湛的医疗技术。眼科现已形成了眼前、后节、斜弱视及眼眶病4个亚专业，白内障超声乳化术及手法小切口白内障摘除手术技术娴熟，对疑难复杂白内障手术具有丰富的临床经验。
第三名：新疆医科大学第二附属医院-眼科
新疆医科大学第二附属医院眼科是集医疗、教学、科研为一体的临床科室。科室配有OCT、眼底造影机、自动视野计、532激光、手术显微镜、玻切超乳一体机等检查及治疗设备，开展了白内障、青光眼、玻璃体及视网膜疾病、斜视、眼外伤等多种眼部手术。这些手术涵盖了眼科领域的各个方面，为患者提供了全面的治疗方案。科室还开展了一系列眼科科研项目，探索眼科领域的前沿技术和治疗方法，为眼科领域的进步做出了自己的贡献。
第四名：新疆医科大学第五附属医院-眼科
新疆医科大学第五附属医院眼科现已成为集医疗、教学和科研于一体的新疆自治区内知名眼科，眼科住培基地，白内障复明基地，小儿斜弱视诊疗中心，青少年近视防控中心。科室拥有全国知名专家原青岛眼科研究所白内障专家曹景教授及青岛眼科研究所小儿斜弱视专家宫华靑教授成立名医工作室，定期来院开展诊疗工作。
第五名：喀什地区第一人民医院-眼科
喀什地区第一人民医院眼科中心始创于1952年，2014年自治区卫健委评定为自治区重点专科和国家级住院医师规培基地。科室设备齐全，年门诊量5万多人次，年住院手术3500余例，年日间白内障手术2600余例。开展技术项目和规模位居全疆前列。获全国巾帼文明岗，自治区残疾人康复先进集体，健康快车先进基地医院，亚洲防盲地区青年文明号、工人先锋号，连续十多年获医院先进科室。
第六名：石河子大学医学院第一附属医院-眼科
石河子大学医学院第一附属医院眼科是集医、教、研于一体的综合科室。眼科拥有较全面的各种进口设备，并与疆内外多家知名医院建立了良好的合作关系。科室近年在研和完成课题10项，其中包括国家自然科学基金项目2项，省部级科研课题1项，其余为大学课题及院级课题。
第七名：乌鲁木齐市友谊医院-眼科
乌鲁木齐市友谊医院眼科自2003年3月成立中美合作麦格眼科中心之后，床位扩大为30张，自96年开展白内障超声乳化术已行数万例，在全疆享有很高的知名度。友谊医院眼科中心准分子激光手术治疗近视，已行近千例。同时开展的非穿透小梁切除，泪小管硅胶逆行植入术等，也为本科特色手术。对于眼眶肿瘤、眼底病、斜视弱视等常见眼科疾病有丰富的经验。
第八名：新疆生产建设兵团总医院-眼科
新疆生产建设兵团总医院眼科是北京协和医院眼科阅片中心兵团眼科分中心，是医院重点发展的学科之一，常规开展白内障、青光眼、玻璃体视网膜病、眼表与角膜病、泪道疾病、眼外伤、斜弱视、屈光不正及小儿眼病的诊治。尤其在复杂性白内障和难治性青光眼手术、玻璃体切除联合增殖膜撕除术、复杂视网膜脱离修复术、眼底病抗VEGF和激光治疗方面有丰富的临床经验。