湖州市第三人民医院擅长的科室有精神科、老年病科、心身科、临床心理科、儿少心理科等，这些科室设备齐全、技术力量雄厚，可以为患者提供高水平的治疗。
1、精神科
湖州市第三人民医院精神科是医院的主要特色专科，是省市共建医学扶植重点建设学科。该科技术力量雄厚，资深专家、后起之秀，人才济济，已形成较为理想的医疗护理团队。医务人员注重临床开拓研究，每年都有高水平的学术论文在国际、国内杂志发表，论文和科研成果多次在国际国内获奖，精神科率先在全省开展了无抽搐电痉挛治疗，并开展了难治性精神病治疗新技术的探索和研究，精神科学科建设水平省内领先。
2、老年病科
湖州市第三人民医院老年病科为市级重点学科，是湖州市成立的最早的老年病科病房。该科以促进健康老龄化为目标，为老年患者提供全面的老年综合能力评估及“一站式诊疗”服务，打破专科诊疗模式，采用以患者为中心的服务理念，强调多学科协作的诊疗模式，形成老年慢病管理、急病救治、老年功能维护的临床特色专科。
3、心身科
湖州市第三人民医院心身科是省内首家，经过多年的发展，已拥有雄厚的技术力量，资深专家和后起之秀人才济济，形成较为理想的医疗护理团队。现为中国心身医学整合诊疗中心、全国强迫症诊疗建设基地、湖州市重点临床学科，也是目前全省规模最大的心身障碍专科。心身科主要收治惊恐障碍、广泛性焦虑障碍、强迫症、恐惧症等疾病患者。
4、临床心理科
湖州市第三人民医院临床心理科主要开展心理测量、心理咨询与心理治疗、心理体检服务。心理测量主要开展智力测验、适应行为量表测评、人格测验等项目。心理测量区域日常开展一般人群的心理筛查、职业心理筛查、心理体检、精神疾病评估等。内容涉及感知觉、思维、情绪、意志行为等；可全面了解被测者的心理健康状况。心理测量可广泛应用于精神卫生、心理咨询与治疗、心身疾病、精神鉴定、心理体检、心理保健等领域。
5、儿少心理科
湖州市第三人民医院儿少心理科开设有孤独症、学习障碍专病门诊。擅长儿童青少年的各类情绪及心理疾病的诊治，如孤独谱系障碍、注意缺陷与多动冲动障碍、焦虑症、双相情感障碍、进食障碍、精神分裂症等。科室目前隶属本院精神科，本院精神科是医院的主要特色专科，是省市共建医学扶植重点建设学科，也是湖州市首批医学重点支撑学科。