南京甲状腺排名第一名的医院是江苏省人民医院，该院的普通外科是国家临床重点专科建设单位、江苏省重点学科等，是全国最先开始专业分组及的分组最细化单位之一。此外，南京鼓楼医院普通外科、东南大学附属中大医院普通外科等也有较好的排名，前者为是国家重点学科、首批国家临床重点专科等，后者是全国首批硕士学位授予单位，是江苏省临床重点专科。
第一名：南京医科大学第一附属医院-普通外科
江苏省人民医院普通外科是国家临床重点专科建设单位、江苏省重点学科、江苏省临床重点专科。学科是全国最先开始专业分组及的分组最细化单位之一，目前有肝脏、胰腺、乳腺、胃、结直肠、甲状腺、腹壁疝、胆道、血管和代谢外科专业。 学科紧跟国际普通外科最新进展，胰腺外科、胃外科、乳腺外科、结直肠外科均已开展MDT多学科合作讨论模式，联合外科、内科等多学科协作，简化了患者诊疗流程，减少了患者医疗费用，为患者提供最为合理的诊疗措施。
第二名：南京鼓楼医院-普通外科
南京鼓楼医院普通外科，是国家重点学科、首批国家临床重点专科、江苏省医学重点学科、江苏省临床重点专科、江苏省消化系统疾病及消化道肿瘤临床医学中心、江苏省肝脏外科临床医学中心。设有肝脏外科及移植外科、肝胆外科、胆胰外科三个病区。在甲状腺疾病的诊断与治疗方面也有独到见解。
第三名：东南大学附属中大医院-普通外科
东南大学附属中大医院普通外科是全国首批硕士学位授予单位，是江苏省临床重点专科。70年代末，科室开展了江苏省首例原位肝移植，前后2例肝脏移植载入了我国脏器移植的史册。80年代初成立胆胰外科专业为我国最早的胆胰外科专业之一。在甲状腺、乳腺等疾病的治疗方面处于省内先进水平。
第四名：东部战区总医院-普通外科
东部战区总医院普通外科系国家和江苏省重点学科、军队“重中之重”学科，为国内最大的普通外科之一。科室按病种开展医疗工作，目前有肠瘘与腹腔感染、炎症性肠病、重症急性胰腺炎、临床营养支持、顽固性便秘、胃肠肿瘤、甲状腺疾病等10多个医疗组。成立了肠瘘与腹腔感染、炎症性肠病、重症急性胰腺炎、临床营养、短肠与肠移植5个专病治疗中心，并在相关疾病的研究治疗上均取得了国际或国内突破性成果，无数国内外患者慕名而来，在这里重燃生命和健康之火。
第五名：南京市第一医院-甲乳外科
南京市第一医院甲乳外科拥有高分辨率数字化乳腺钼靶摄像检查仪，核医学（SPECT-PET)肿瘤定位显像诊疗设备，高清晰乳管镜检查仪等设备。科室擅长早中期乳腺癌保留乳房及腋窝的根治手术，中晚期乳腺癌的改良根治手术及扩大根治手术及乳房再造，小切口乳腺良性肿瘤切除等，重点开展改良甲状腺癌的根治术。致力于对乳腺疾病基础与临床相结合的研究，获得南京市医学科技发展重点项目，并在国内外著名杂志发表论文60余篇。
第六名：南京市第二医院-甲乳疝外科
南京市第二医院甲乳疝外科，可开展甲状腺恶性肿瘤的手术治疗，内分泌治疗等。在甲状腺癌规范治疗，甲状腺癌微创治疗，尤其是腔镜辅助下颈淋巴结清扫术开展大量工作；甲状旁腺功能亢进、甲状旁腺肿瘤的外科治疗；乳腺肿瘤的综合治疗，尤其是乳腺癌改良根治术、乳腺癌保乳手术、假体植入术。
第七名：江苏省中西医结合医院-甲状腺乳腺外科
江苏省中西医结合医院甲状腺乳腺外科为省重点专科，是国家及江苏省住院医师规范化培训基地。科室拥有国内最先进的喉返神经监测仪、真空负压乳腺肿瘤微创旋切系统等先进的医疗设备，能够独立完成前哨淋巴结双示踪显影活检术等甲乳外科复杂性手术。在国内较早开发出治疗乳腺增生的国家新药--乳舒康，参与制定“局部晚期甲状腺癌手术治疗中国专家共识（2020版）”，是江苏省内较早开展甲状腺乳腺疾病专病专治的专科，具有一定区域影响力。
第八名：南京医科大学附属江宁医院-甲乳外科
南京医科大学附属江宁医院甲乳外科常规开展甲状腺乳腺常见病、多发病及疑难疾病的诊断与治疗。开展的甲状腺及乳腺良性肿瘤的射频消融术，甲状腺癌根治术，甲状腺及乳腺肿物穿刺活检及相关基因检测，Miccoli腔镜辅助下甲状腺癌根治术，乳腺癌保乳术，乳腺前哨淋巴结活检术，乳癌改良根治术，乳腺良性肿瘤微创旋切术，是该科优势技术项目。
第九名：南京市中西医结合医院-普外科
南京市中西医结合医院普外科是医院的重点发展的特色科室，承担着南京中医药大学外科专业硕士研究生带教工作，紧跟国内外医学科学的发展。设有胆石病科，疝和腹壁，腔镜，胃肠，甲状腺乳腺，血管六个专科。微创保胆取石为科室特色，优势病种腹外疝包括各种腹股沟斜疝、直疝、股疝、脐疝、切口疝、造口旁疝。