广东小儿消化科医院排名靠前的是广州市妇女儿童医疗中心消化科、深圳市儿童医院消化内科、中山大学附属第一医院儿科等。广州市妇女儿童医疗中心消化科是国家临床重点专科，2023年复旦版全国小儿消化专科声誉排名第7位，是华南地区知名的小儿消化专科。深圳市儿童医院消化内科是深圳市及周边地区唯一独立设置的小儿消化专科，专业诊疗技术全面，在深圳市内持续保持领先水平。中山大学附属第一医院儿科是广东省重点学科、广东省临床重点专科，学科整体诊治水平达国内先进并与国际接轨。
1、广州市妇女儿童医疗中心 消化科
该科室成立于1987年，是国家临床重点专科、中华医学会儿科学分会消化学组副组长单位，2021年获复旦版全国小儿消化专科综合排名第8位，2022年、2023年分别获声誉排名第9位、第7位，现已发展为集临床、教学、科研于一体的华南地区知名小儿消化专科。科室在儿童消化道危重疑难病诊治、消化内镜诊疗、儿童肠内营养治疗等领域居国内领先水平，是华南地区知名的儿童炎症性肠病诊治中心，年收治IBD患者400多例，建成国内规模最大、功能最齐全的儿童消化内镜平台及全国首家“母乳库”。
2、深圳市儿童医院 消化内科
该科室于2013年9月独立成科，是深圳市及周边地区唯一的小儿消化专科，在市内持续保持领先水平，科室下设消化内科病区和消化内镜诊疗中心，配备13C呼气仪、胶囊内镜、氢呼气仪、24H动态胃酸监测仪等先进设备。科室紧跟国内小儿消化专业先进技术，开展食物过敏诊治、牛奶蛋白激发试验、内镜下球囊扩张术、经皮内镜引导下胃造瘘置管术、婴幼儿结肠镜检查、双气囊小肠镜诊疗等技术，可收治消化道出血、胆汁淤积性肝病、食物过敏性疾病、炎症性肠病等数十种小儿消化专科疾病。
3、中山大学附属第一医院 儿科
该科室是广东省重点学科、广东省“十二五”医学重点学科、广东省临床重点专科，下设多个亚专科及独立新生儿三级学科，所属专业疾病诊治达国内先进水平，并与国际接轨。其新生儿专科是广东省各大综合医院中开设最早、收治病人数最多的新生儿专科之一，为广东省临床重点专科，可对产前诊断的先天性消化道畸形、膈疝、巨大脐膨出等出生缺陷开展围产期综合管理与手术前后处理，率先开展先天性膈疝宫外产时处理（EXIT术），有效提升消化道结构异常患儿的救治成功率。
4、南方医科大学南方医院 儿科
该科室始建于1955年，集医疗、教学、科研为一体，综合实力位居广东省前列，是广东省临床重点专科、博士学位授予点、国家住院医师规范化培训基地。科室下设儿童肾脏、血液、风湿免疫、呼吸、重症5个亚专业，是华南地区最早开展造血干细胞移植的儿科单位，累计完成各类造血干细胞移植1361例，曾获中国儿科医学最高奖项“宋庆龄儿科医学奖”。科室科研实力突出，先后承担国家级、省部级课题数十项，发表SCI论文数十篇，参与国家863课题1项，与多国知名医学院校建立长期稳定合作关系。
5、广东省人民医院 儿科
该科室由钟士凡教授于1946年创办，经过75年发展，现已成为集预防、医疗、保健、科研和教学于一体的综合性学科，是中山大学、南方医科大学等多所院校的教学实习基地和研究生培养基地、广东省住院医师培训基地，下设消化、神经、呼吸等多个亚专业。其消化亚专科可诊治儿童腹泻、慢性胃炎、胰腺炎、炎症性肠病等消化道疾病，开展内镜检查、经皮内镜胃造口术等技术；承担《肠黏膜CD8+CD39+T细胞源GZMA-PIEZO1轴调控黏液屏障在食物过敏中的作用机制》等国家级课题，近5年获省科技进步二等奖1项，发表SCI论文30篇，参与2项专家共识制定。
