北部战区总医院擅长急诊医学部、眼科、肿瘤科、心理咨询科、骨科等。
1、急诊医学部
北部战区总医院急诊医学部自1987年成立以来经历了二十年的发展历程，现已发展成为现代化综合性三甲级医院的急诊科。目前急救中心每年接诊患者约4-5万人次；急危重症6000～8000人次；抢救成功率91%～96%，并承担第四军医大学、大连医科大学、中国医科大学本科生临床实习教学任务，沈阳药科大学临床药学专业的授课。
2、眼科
北部战区总医院眼科是全国药物临床实验机构，眼科准分子激光治疗中心，大连医科大学研究生培训基地。眼科在东北地区拥有较高知名度，在角膜移植、眼表疾病、屈光手术、青光眼、白内障、视网膜脱离和眼外伤等领域已经达到国内先进水平，尤其是角膜移植、准分子激光治疗近视、屈光外科和白内障手术已经成为眼科的专科特色。
3、肿瘤科
北部战区总医院肿瘤科成立于1986年，为国家临床药理基地科室。在国内较早开展癌基因测序、自体免疫细胞联合放化疗、分子靶向治疗和三维适形放疗联合动脉化疗等多种肿瘤诊治手段，并获得多项成果和专利。多年来已先后开展特色技术50余项，获国家“十二五”重大新药创新GCP平台研究子课题1项，国家卫生部科技发展中心课题1项，以及省（部）级科技攻关课题和自然基金课题多项。
4、心理咨询科
北部战区总医院心理咨询科于2001年建立，多次为国家和军队抗震救灾、奥运安保、世博安保、国际维和等多项重大任务提供心理援助。近年来，心理门诊不断引进先进的医疗设备和医疗技术，并通过强化科学管理，开展国际、国内专业学术交流等措施，进一步突出了心理治疗的专科特色。
5、骨科
北部战区总医院骨科是一个全国知名，在东北地区享有很高声誉的科室，是目前辽宁省分亚专科最早和最细的单位；在脊柱、关节、创伤以及肿瘤外科等方面已形成优势并达到国内先进水平，其中颈椎病和颈椎外伤的外科治疗、人工关节的置换以及四肢复杂创伤的诊治等在东北地区处于领先地位。颈椎手术量居东北地区首位，颈椎病和颈椎外伤的手术治疗成为科室的品牌技术。成立了足踝外科小组，为目前国内骨科界少数专门致力于足踝部疾患治疗的专业医疗队伍之一。