南京肿瘤科医院排名第一的是江苏省肿瘤医院，该医院的肿瘤内科是江苏省临床重点专科、江苏省癌症化疗中心、首批卫生部癌痛规范化治疗示范病房、国家新药临床试验机构。除此之外，较好的肿瘤科医院还有南京医科大学第一附属医院、南京鼓楼医院，前者的肿瘤科是江苏省“十一五”肿瘤学重点专科，后者的肿瘤中心是国家癌症区域医疗中心建设单位。
第一名：江苏省肿瘤医院-肿瘤内科
江苏省肿瘤医院肿瘤内科是国内较早成立的肿瘤内科之一，是江苏省临床重点专科、江苏省癌症化疗中心、首批卫生部癌痛规范化治疗示范病房、国家新药临床试验机构。获得江苏省优质护理服务示范病房，共青团中央“青年文明号”荣誉。科室下设肺癌、乳腺癌、恶黑软组织肿瘤等多个肿瘤内科诊疗中心，全年收住病人超过5万人次，门诊量15余万人次，病种涵盖肺癌、胃癌等。2005年成为国家新药临床试验机构以来，已完成国内外新药临床试验1000余项，受益患者2万余人。
第二名：南京医科大学第一附属医院-肿瘤科
江苏省人民医院肿瘤科是江苏省“十一五”肿瘤学重点专科，江苏省肿瘤转化研究中心，江苏省“兴卫工程”高技术平台培育点之一，卫生部第一批癌痛规范化治疗示范病房（江苏省共有3家医院），卫生部“高强度聚焦超声技术治疗肿瘤综合评价”培育点（全国仅有2个）。
第三名：南京鼓楼医院-肿瘤中心
南京鼓楼医院肿瘤中心是国家临床重点专科，国家癌症区域医疗中心建设单位，江苏省肿瘤新技术医学中心，江苏省消化道肿瘤临床医学中心，江苏省临床重点学科；同时是国家首批肿瘤高通量测序临床应用试点单位，中国肿瘤免疫细胞治疗协作组单位，国家高端医疗设备应用示范单位，国家首批药品临床试验基地，国家首批放疗规培基地，全国规范化肿瘤营养及放疗营养示范病房。学科作为江苏省首家肿瘤学博士培养单位，于2005年成立南京大学临床肿瘤学研究所，后又建立肿瘤学博士后工作站，目前学科还是南京大学医药生物技术国家重点实验室与江苏省恶性肿瘤协同创新中心的PI单位。2020年全国专科声誉排行榜位列全国综合性医院第六位。
第四名：东南大学附属中大医院-肿瘤科
东南大学附属中大医院肿瘤科为江苏省临床重点专科，肿瘤学博士学位授予点，是南京市综合三级甲等医院中最早成立的专业肿瘤科室，专业特色为恶性肿瘤化学治疗及分子靶向治疗，由专业的肿瘤内科医师、肿瘤专科护士组成的肿瘤化学治疗与分子靶向治疗团队，给予患者合理的、科学的、规范的个体化化疗及分子靶向治疗。
第五名：东部战区总医院-肿瘤内科
东部战区总医院肿瘤内科是国内大型综合医院较早成立的肿瘤专科。现为南京大学、第二军医大学、南方医科大学及南京医科大学硕士、博士研究生及南京军区博士后培养学科，江苏省医学重点学科（建设单位）和南京军区肿瘤内科中心，中华医学会肿瘤学会淋巴瘤专业委员会成员单位。科室具有现代化的住院病区，住院床位120张，配备有深部肿瘤热疗机、微波刀、层流床等大型医疗仪器。
第六名：南京市第一医院-肿瘤内科
南京市第一医院肿瘤内科，为南京医科大学肿瘤中心临床基地、江苏省“十二五科教兴卫工程”创新团队、“十三五科教工程”医学重点学科、江苏省医学重点临床专科、南京肿瘤临床医学中心和南京肿瘤转化医学基地，为全国肿瘤药物临床试验机构。
第七名：南京市第二医院-肿瘤科
南京市第二医院皮肤科是南京市较早成立的肿瘤专科之一，是江苏省临床重点专科，致力于早期肿瘤的辅助治疗、中晚期肿瘤综合治疗及研究，结合国内外临床进展，通过多学科病例讨论（MDT）确定诊疗方案，并积极改善患者的生存质量，对于肺癌、胃癌、结直肠癌、肝癌、食管癌、宫颈癌、乳腺癌、恶性淋巴瘤等多种实体瘤的综合治疗拥有丰富经验。
第八名：江苏省中西医结合医院-肿瘤科
江苏省中西医结合医院肿瘤科，是全国最早的中医肿瘤治疗单位，江苏省中医药局重点专科，GCP国家药物临床试验机构，第二批国家中医临床研究基地（肠癌病）。科室充分发挥中医药扶正抗癌的特色，致力于恶性肿瘤的中西医结合治疗，相关研究先后获得国家、部省级、市厅级科技进步奖8项，开发了槐耳冲剂等中药，其临床疗效达国内领先水平，并获得了国家科技进步二等奖。
第九名：南京医科大学附属江宁医院-肿瘤科
南京医科大学附属江宁医院肿瘤科，依托江苏省肿瘤医院江宁协作中心这一平台，大力加强专科建设，进一步完善学科体系，提高肿瘤规范化诊治水平，让江宁及周边地区肿瘤患者就近接受高水平的肿瘤规范化治疗，近年来在省肿瘤医院的技术支持和指导下，专科肿瘤诊疗水平已达到与省肿瘤医院同质化状态。
第十名：南京医科大学附属逸夫医院-肿瘤科
南京医科大学附属逸夫医院肿瘤科，为医院重点发展的临床科室。该科室根据规范化及个体化诊疗原则，收治各类恶性肿瘤患者，尤其在肿瘤的早期诊断与预防，术后预防复发与转移，晚期耐药的个体化诊断及治疗方面特色明显。
