首都儿科研究所附属儿童医院擅长小儿普外科、小儿泌尿外科、小儿神经外科、小儿胸外科、新生儿外科。上述科室对于相关基础病及疑难杂症均具有丰富的检验、治疗经验，建议根据实际情况选择对应科室就诊。
1、小儿普外科
是由中国小儿外科创始人、中国工程院院士张金哲教授在国内最早建立的专业，是国内最早的儿科学硕士、博士学位授予单位和博士后流动站。国内最具权威的《中国医院专科声誉排行榜》自建立以来，小儿普外科一直在全国排名第一，既是临床和科研实力的体现，也是同行以及患儿家长的赞誉和信任。
2、小儿泌尿外科
在国内小儿泌尿外科创始人黄澄如教授的带领下组建，是国内最早的小儿泌尿外科专业。主编出版了国内第一部小儿泌尿外科专著《小儿泌尿外科学》。专业队伍技术力量雄厚，经过多年的经验积累，各种小儿泌尿生殖系疾病的诊断和治疗达到国内领先、国际先进水平。
3、小儿神经外科
由具有丰富临床、科研经验的小儿神经外科专业医护人员组成。设有门诊、病房，拥有国内领先的神经外科大型医疗设备，在小儿脑积水、脑脊膜膨出、颅内肿瘤、椎管内肿瘤、血管病、功能性疾病等领域均为国内先进水平。
4、小儿胸外科
是目前国内专门独立从事儿童胸部及肿瘤外科疾病诊治的专科之一，居国内小儿胸部及肿瘤外科领域领先地位。其特色项目包括微创胸壁矫形手术（漏斗胸微创NUSS术，鸡胸微创胸骨沉降术）等，其中漏斗胸微创NUSS手术技术及诊治水平居国内领先，也是世界上实施此手术最多的医院之一。
5、新生儿外科
为国家重点专科，是国家“十一五”科技支撑计划课题和国家卫计委卫生行业专项课题先天重大畸形治疗技术科技攻关牵头单位，是全国小儿微创外科治疗中心和疑难危重患儿治疗中心。承接外院术后严重并发症以及多次手术效果不佳患儿的诊疗，是小儿复杂肛门直肠疾病、胃肠疾病、肝胆疾病攻坚的最后一站。
