湛江市第一中医医院擅长的科室有骨科、肝病专科、内分泌科、脑病科、脾胃病科等。
1、骨科
湛江市第一中医医院骨科是广东省中医药管理局重点专科、中医名科，运用中医、中西医结合方法防治颈肩腰腿痛等脊柱劳损病具有卓著的疗效，如颈椎病、腰椎间盘突出症、腰椎滑脱症、胸腰椎压缩性骨折、膝骨性关节炎、肩周炎、风湿性关节炎、类风湿性关节炎、强直性脊柱炎、痛风性关节炎等。也可手术治疗各类四肢创伤、关节创伤及骨关节病变、脊柱创伤创伤及骨关节病变等创伤及骨病，以及各类手术并发症及术后意外等。
2、肝病专科
湛江市第一中医院肝病专科是粤西地区创建最早的中医肝病诊疗中心，对各种急慢性肝炎、脂肪肝、酒精肝、肝硬化、顽固性肝腹水等有独特见解；对重型肝炎、肝昏迷、上消化道出血等危重患者的抢救疗效独到；擅长采用中医中药疗法治疗乙肝大小三阳，转阴率高。
3、内分泌科
湛江市第一中医医院内分泌科是国家重点专科、广东省中医名科、广东省重点中医专科、湛江市重点中医专科，擅长糖尿病、糖尿病足、甲状腺炎、甲状腺肿瘤等常见内分泌疾病的诊治。研究的专科制剂“早肾颗粒”、“麻痛颗粒”等应用于临床中取得了显著疗效，并获得湛江市科技进步三等奖，专科总结的“九环一体”糖尿病足康复技术具有廉价高效的优势。
4、脑病科
湛江市第一中医医院脑病科，为广省中医药管理局重点专科，广东省中医脑病科脑卒中筛查与防治基地建设单位，在急性脑血管病(脑梗死、脑出血)救治及二级预防、高血压病、良性阵发性位置性眩晕偏头痛、帕金森病、睡眠障碍等神经系统疾病的中西医诊断、治疗和脑血管病的康复治疗方面，具有显著的疗效和专科优势。
5、脾胃病科
湛江市第一中医医院脾胃病科，是省重点中医专科，对消化系统疑难病如萎缩性胃炎、溃疡性结肠炎、肝硬化、消化道肿瘤等疾病的诊疗、调理具有丰富的经验和中医药特色，对于急难重症也有较好的应急处理能力。目前可开展无痛胃肠镜检查、胃肠息肉高频电凝切除术、内镜下紧急止血、早癌的诊治、14C呼气试验等内镜诊治手术，在运用现代技术治疗急性上消化道出血、消化道息肉等方面有突出优势。