南充肛肠科医院排名靠前的是川北医学院附属医院肛肠科、南充市中心医院痔瘘科、南充市第五人民医院肠外痔瘘科等，川北医学院附属医院肛肠科是国家“十一五”中医重点专科、首批国家临床重点专科（中医）、国家“十二五”中医药重点学科，为川内顶级肛肠学科之一，专科排名全国前列；南充市中心医院痔瘘科源于1956年设置的痔瘘科门诊，是南充市级重点专科，为南充市中医肛肠医疗质量控制中心副主任成员单位；南充市第五人民医院肠外痔瘘科是南充市市级临床重点专科，配备多功能肛肠治疗仪、进口手术腹腔镜等高端设备。
1、川北医学院附属医院 肛肠科
该科室是国家“十一五”中医重点专科、首批国家临床重点专科（中医）、国家“十二五”中医药重点学科、中西医协同“旗舰”科室，为川内顶级肛肠学科之一，专科排名全国前列，是川东北地区成立最早、设备最先进、技术力量最强的肛肠专科。科室诊疗特色突出，手术领域有穴位麻醉并中药穴位注射、切挂选择缝合术治疗高位复杂性肛瘘等特色技术；内科治疗有中西医结合治疗出口梗阻性便秘、单味血竭治疗溃疡性肠炎等特色方案；辅助诊疗涵盖电子纤维结肠镜下治疗、肛肠动力检测等优势项目。科室小儿肛周疾病手术治疗处于国内领先水平，疑难罕见病诊疗处于川内顶尖级别。科研方面，依托川北医学院肛肠疾病研究所，获各级课题40余项，多次获省市级科技进步奖，拥有专利10余项，定期开展国家级、省级继续教育项目，培养川内外基层专科人才。
2、南充市中心医院 痔瘘科
该科室源于1956年医院设置的痔瘘科门诊，2007年筹建并成立病区，2009年更名成立中西医结合肛肠科，是南充市级重点专科，也是南充市中医肛肠医疗质量控制中心副主任成员单位。科室配备肛肠综合治疗仪、乙状结肠镜、直肠镜、大肠灌洗仪、肛门直肠测压仪、生物反馈治疗机等先进设备，是川东北地区肛肠专业设备较为先进齐全、治疗检查手段较为完善的科室。科室诊疗范围覆盖肛肠常见疾病、环状混合痔等疑难杂病、盆底功能障碍性便秘等盆底疾病、肛周皮肤疾病及肛门直肠肿瘤，可采用内服、外敷、熏洗、注射、手术等中西医结合手段，以及PPH、RPH、TST等微创技术治疗各类肛肠疾病。科研方面，承担省、市级科研课题10余项，在省级及以上刊物发表论文100余篇。
3、南充市第五人民医院 肠外痔瘘科
该科室是南充市市级临床重点专科，配备多功能肛肠治疗仪、进口手术腹腔镜等高端设备，为患者手术及康复治疗提供可靠硬件支撑。科室诊疗范围覆盖肠道肿瘤、不明原因腹痛、阑尾炎、各类腹壁疝、腹部外伤、痔疮、肛瘘、肛周脓肿、肛门瘙痒等多类腹腔及肛周疾病，可成熟开展痔疮各类微创技术、腹腔镜下腹腔疾病探查术、直肠癌腹腔镜切除术、肠造瘘术、阑尾炎腹腔镜切除术、腹股沟疝微创手术、肛瘘切除术、肛周脓肿一次性切除术、肛裂切除术以及各类肛周疾病理疗技术。
4、南充市嘉陵区人民医院 外三科（泌尿外科、肛肠科）
该科室由泌尿外科、肛肠科、耳鼻咽喉科和眼科4个专业组成，其中肛肠科专业常规开展内痔、混合痔手术，以及肛瘘、肛周脓肿等中大型肛肠手术；泌尿外科专业常规开展泌尿系统、男性生殖系统各类疾病的诊断与治疗，涵盖泌尿系结石、前列腺增生、泌尿系肿瘤及小儿隐匿性阴茎、隐睾、鞘膜积液等手术，在女性泌尿外科领域可开展压力性尿失禁手术。
5、阆中市人民医院 甲乳肛肠科
该科室诊疗范围覆盖甲状腺、乳腺、肛肠三大类疾病，熟悉甲乳肛肠科常见病、多发病、疑难病的诊治，尤其在甲状腺腺瘤、痔疮、肛裂、肛瘘、肛周脓肿、乳腺增生症、乳腺囊肿、乳腺导管扩张症、乳腺纤维腺瘤等疾病的诊疗方面具有显著优势。
