河南省胸科医院擅长心外科、结核内科、心内科、胸外科、呼吸与危重症医学科等。这些科室设备齐全、技术力量雄厚，可以为患者提供高水平的治疗。
1、心外科
河南省胸科医院心外科是省医学重点学科，团队掌握国际上先进的先天性心脏病诊疗技术，擅长各种先天性心脏病的诊断、手术及围术期处理。尤其在复杂先心病的手术、简单先心病的微创治疗、婴幼儿无输血先心病手术及先心病杂交技术治疗等方面经验丰富，处于国内先进、河南领先水平。
2、结核内科
河南省胸科医院结核内科是省医学重点学科，主要承担各类结核病，尤其是疑难病例的诊断、鉴别诊断及治疗，其中对多途径介入诊断治疗疑难重症肺结核的治疗独具特色。结核内科采用最佳化疗方案与多途径介入治疗相结合方法，对耐药肺结核病的治疗独有心得。
3、心内科
河南省胸科医院心内科是国家级临床重点学科，拥有真正与国际接轨的胸痛诊治中心，内设心导管室、256排CT室、超声室、心电图室及相关化验检查室等。对急性心肌梗死、主动脉夹层、急性肺栓塞形成一站式诊治。目前几乎开展了所有心血管病的介入诊断治疗，如复杂冠状动脉病变的支架置入术，CRT-P/CRT-D植入术，心房纤颤的射频消融术，大血管支架置入术等均居河南省内先进水平，年介入手术量超过四千例次。
4、胸外科
河南省胸科医院胸外科是省医学重点学科，科室开展的胸腔镜、纵隔镜微创技术达到国内及省内领先，以“切口小、恢复快、难度大”为特点。国内首创“硬质纵隔镜联合腹腔镜食管癌根治术”，以“不进胸腔、手术时间短、术后恢复快”为特点，开创了食管癌微创手术的新的篇章，获得了同行的关注和认可，取得了良好的临床疗效；在肺外科领域，国内首创“支气管优先处理法胸腔镜肺叶切除术”，具有“简易、快捷、费用低”的特点，具有良好的临床应用和推广价值。
5、呼吸与危重症医学科
河南省胸科医院呼吸与危重症医学科是省医学重点学科，在哮喘的规范化冶疗，重症呼吸衰竭的抢救，肺癌的早期诊断与综合冶疗，慢阻肺呼吸衰竭肺康复，结核病的诊断与鉴别诊断，睡眠呼吸暂停综合症的诊断与治疗等方面处于省内领先水平。同时开展了介入治疗难治性胸腔积液和难治性气胸，无创通气及高流量湿化呼吸机治疗急性及慢性呼吸衰竭，介入治疗肺癌，全麻下同期双肺大容量灌洗治疗肺泡蛋白沉积症及早期尘肺患者等新技术，减少了病人痛苦，取得了较好的疗效。
