上海儿童医院比较好的是复旦大学附属儿科医院、上海儿童医学中心、上海新华医院，复旦大学附属儿科医院儿科为全国儿科学重点学科，最早被国家授予儿科学硕士、博士学位授权点，在中国医院科技量值排行榜和中国医院最佳临床学科排行榜中，儿科均位居前列，同时位列复旦专科版榜儿科第一名。上海儿童医学中心、上海新华医院的小儿内科分别位列全国第五名和第七名。
1、复旦大学附属儿科医院
该医院是一家集医、教、研、防、管为一体的综合性儿童专科医院，是国家“211”、“985”和“双一流”工程建设单位。医院学科综合实力领先，在复旦版《2021年度中国医院专科声誉排行榜》上位列小儿内科第一名，在国内外享有盛誉。
2、上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心
该中心是国家首批“211工程”、“985工程”及“双一流”儿科重点建设学科，是我国儿童先心病、血液/肿瘤和发育行为儿科领域最高水平的中心之一，也是国内首家通过JCI国际医院认证的儿童专科医院，位列复旦版《2021年度中国医院专科声誉排行榜》小儿内科第五名。
3、上海交通大学医学院附属新华医院-小儿内科
该医院小儿内科学科门类齐全，医、教、研成绩斐然，是教育部211重点建设学科和国家重点学科。该科室在国内率先建立了三级亚专业，在全国最早建立了儿科ICU病房，医疗技术先进，并在复旦版《2021年度中国医院专科声誉排行榜》上位列小儿内科第七名。
4、上海市儿童医院
该医院是一所集医疗、保健、教学、科研、康复于一体的三级甲等儿童医院。设有24个临床专科，在我国最早开展了苯丙酮尿症、血友病等罕见遗传病的基因诊断和产前诊断工作。作为国家首批运用高通量测序技术开展遗传病诊断的试点单位之一，该医院在儿童遗传病的基因检测领域居国内领先地位。
5、上海交通大学医学院附属瑞金医院-儿内科
该医院儿内科在多个领域都处于国内领先地位，其中内分泌遗传代谢专业是该院重点发展学科。在儿童生长障碍、性早熟等领域有丰富的临床经验。科室在国内首先开始儿童内窥镜的检查，并开设多项国内首创的内镜下治疗项目，如内镜下硬化剂治疗、粗蒂息肉摘除等。
6、复旦大学附属中山医院-儿科
复旦大学附属中山医院儿科是由一批临床经验丰富的主治医师以上职称的医务人员组成。熟悉儿科常见病、多发病、疑难病的诊治，尤其在治疗感冒、上呼吸道感染、支气管炎、肺炎、肠炎、腹泻、新生儿窒息、新生儿颅内出血等方面具有显著优势。
7、上海交通大学医学院附属仁济医院-儿科
该医院儿科历史悠久，设有门诊及病房。科室技术力量雄厚，涉及领域由原先单一的感染性疾病扩展至儿童保健、血液、肾脏、心血管、消化、中西医结合等不同亚专业，形成以儿童风湿和过敏为诊疗特色，更好的服务于患者。
8、上海交通大学医学院附属第九人民医院-儿科
该医院儿科是一个综合性科室，拥有丰富的临床经验、先进的医疗设备和雄厚的技术人才力量。曾获上海市“母婴安全”先进集体、连续2年获得交大医学院文明班组等称号。科室配备专业的重症急救及监护设备，在新生儿重症监护方面处于领先地位，获得了良好社会信誉。
9、上海市第六人民医院-儿科
该医院儿科是一个提供全天候服务的三级甲等医院综合性科室，拥有完善的医疗服务质量和就医环境。在儿科神经性及心理性疾病、新生儿疾病等方面具有丰富的临床诊治经验，并形成了自己的临床诊治特色。科室配备了先进的医疗设施，大大提高了治疗效果和抢救成功率。
10、上海长海医院-儿科
该医院儿科亚学科较为全面、专业特色突出、技术精湛，在军内及上海市享有声誉，在上海市综合医院及军内儿科中规模名列前茅。该科室在过敏性紫癜的临床与基础工作中处于国内领先地位。在国内早期开展食物过敏和不耐受研究和临床干预，技术水平国内领先。