乌鲁木齐医院有新疆维吾尔自治区人民医院、新疆医科大学第一附属医院、新疆维吾尔自治区肿瘤医院等多家。新疆维吾尔自治区人民医院连续七年入榜“中国医院竞争力·顶级100强”，排名78位；新疆医科大学第一附属医院拥有6个卫生计生委内镜培训基地、1个卫生计生委医师规范化培训基地；新疆维吾尔自治区肿瘤医院的医学检验技术专业获批国家级一流本科专业建设点。
第一名：新疆维吾尔自治区人民医院
新疆维吾尔自治区人民医院，是一所集医疗、教学、科研、健康管理为一体的大型综合性“三级甲等医院”。医院连续七年入榜“中国医院竞争力·顶级100强”，排名78位；名列智慧医院HIC全国第7名。2020年度在中国医院影响力排行榜中名列全国49名、西北地区第3名。医院设有国家呼吸疾病区域医疗中心、7个国家级临床重点专科、26个自治区级医学质量控制中心，40个专科列入自治区临床重点专科。
第二名：新疆医科大学第一附属医院
新疆医科大学第一附属医院，已逐步发展成为一所集医疗、教学、科研、预防和管理为一体的大型综合性研究型医院，是自治区最大的“三级甲等综合医院”之一。拥有6个卫生计生委内镜培训基地、1个卫生计生委医师规范化培训基地（34个专业）、1个科技部省部共建国家重点实验室培育基地、1个新疆重大疾病防治与转化协同创新中心、15个自治区级医学研究所、9个自治区级医疗质量控制中心、1个自治区临床技能培训中心。
第三名：新疆维吾尔自治区肿瘤医院
新疆维吾尔自治区肿瘤医院，是新疆唯一一所集医教研防于一体的三级甲等肿瘤专科医院。医院拥有临床医学（肿瘤学）博士学位授权点，肿瘤学硕士学位授权点，是自治区肿瘤学重点学科，医学检验技术专业获批国家级一流本科专业建设点，麻醉学专业、医学影像学专业获自治区级一流本科专业建设点。
第四名：新疆维吾尔自治区中医医院
新疆维吾尔自治区中医医院，是集医疗、教学、科研、预防保健和康复于一体的三级甲等中医医院。医院中医药特色享誉全国各地，常年开展的中医特色诊疗技术项目达100余项，针灸、推拿、小针刀、中医食疗、中药熏洗、浸浴、溻渍、贴敷等中医特色技术项目深受广大患者的欢迎。同时，开展了心脑血管介入治疗、心脏搭桥手术、脊柱椎间孔镜手术、胸腔镜手术、关节镜手术等多学科手术，部分技术处于疆内领先水平。
第五名：新疆医科大学第二附属医院
新疆医科大学第二附属医院，是一所集医疗、教学、科研、康复、预防为一体的省级综合医院，国家卫生部首批认定的“三级甲等”医院，除常规手术外，微创手术和治疗已成体系，微创诊治中心能在腔镜下开展腹部外科、胸外科、妇产科、泌尿外科、耳鼻喉科、骨科、消化科、肛肠科等各种手术和治疗。神经外科显微手术、心血管病的介入治疗、体外碎石、肿瘤的综合治疗达到国内先进水平。
第六名：新疆医科大学第五附属医院
新疆医科大学第五附属医院，是一所集医疗、教学、科研、预防为一体的综合性三级甲等医院，是自治区唯一一所拥有职业病临床床位的大型综合医院。医院逐渐形成了一批有实力的临床三级学科，有些学科进入区内同行先进序列。其中心血管内科、骨科、放射科曾是铁道部重点专科，在自治区同行中享有盛誉。
第七名：中国人民解放军新疆军区总医院
中国人民解放军新疆军区总医院，是一所集医疗、教学、科研、预防、保健为一体的大型综合性三级甲等医院，是新疆维吾尔自治区、新疆生产建设兵团以及乌鲁木齐市医疗保障制度改革定点医疗单位。拥有全国博士后科研工作站1个，全军专科中心5个，军种或原大军区医学专科中心9个，全国全军培训示范基地、新疆自治区特殊环境医学重点实验室等20余个，近年获得各级各类课题和科技成果百余项。
第八名：中国人民武装警察部队新疆总队医院
中国人民武装警察部队新疆总队医院，是自治区、乌鲁木齐市和兵团城镇职工基本医疗保险的定点医疗机构。医院以肝胆外科为龙头的专科建设成效显着，为武警新疆总队医院迈入全军先进医院打下良好基础。医院的肾结石体外碎石术走在自治区前列，成功地完成了全髋和全膝置换术、鼾症治疗术、心脏永久起搏器植入术、肾移植术等多项新技术，使医院取得了良好的社会效益和经济效益。
第九名：新疆维吾尔自治区维吾尔医医院
新疆维吾尔自治区维吾尔医医院，现为一所集医疗、教学、科研为一体的综合性三级甲等维吾尔医医院。医院设有皮肤科、骨科、妇产科等16个一级临床科室，白癜风、膝骨关节炎、子宫颈糜烂等13个维吾尔医特色专科门诊。有检验科、放射科、CT室、核磁室、B超室、心电图室、腔镜室等医技科室及功能检查部门。医院制剂室建立于1992年，达到GPP要求。
第十名：新疆生产建设兵团总医院
新疆生产建设兵团总医院已发展成为兵团设在新疆首府乌鲁木齐市唯一一所集医疗、教学、科研、预防、保健、应急于一体的综合性三级甲等医院，承担着兵团、自治区、乌市广大人民群众的医疗保健，担负着，兵团及全疆疑难危重疾病的诊治以及突发公共卫生事件的救治和兵团民兵应急救护任务。拥有1个国家级重点专科（医学检验科，），3个国家级医学中心（胸痛中心、高级卒中中心、房颤中心）等。