上海市同济医院擅长的科室有风湿免疫科、耳鼻咽喉头颈外科、儿科、皮肤性病科、精神医学科等。
1、风湿免疫科
上海市同济医院风湿免疫科，可诊治系统性红斑狼疮、系统性硬皮病、多发性肌炎/皮肌炎、干燥综合征、混合性结缔组织病、成人Still氏病、风湿热等。科室医疗特色为干燥综合征的免疫平衡治疗，即联合应用免疫抑制剂、免疫调节剂等药物，使病情得以长期缓解；骨关节炎的综合治疗，在健康教育、适宜锻炼、物理治疗基础上，应用非甾体抗炎药、改善关节循环药，延缓了关节病情进展等。
2、耳鼻咽喉头颈外科
上海市同济医院耳鼻咽喉头颈外科，是同济大学博士研究生学位授予点、博士后工作流动站、住院医师规范化培训基地、国家药物临床试验基地。科室以鼻整形外科，耳显微外科及头颈肿瘤治疗为特色。
3、儿科
上海市同济医院儿科，对儿童各系统常见病、多发病和疑难杂症的诊断率高，疗效显著，危重病例抢救成功率高。病房设有普儿科和血液科、新生儿科等专科以及危重病人抢救室。科室诊治儿童急性白血病、淋巴瘤和再生障碍性贫血诊治技术与远期疗效均达到国内领先水平；开展常见过敏原检测和脱敏疗法，采用国际推荐的GINA方安规范防治儿童哮喘，疗效显著。
4、皮肤性病科
上海市同济医院皮肤性病科，科室确定以皮肤美容和医学真菌作为学科发展重点方向，主要诊治疾病包括红斑狼疮、皮肌炎、硬皮病、混合结缔组织病、带状疱疹、水痘、单纯疱疹、扁平疣、寻常疣、跖疣、传染性软疣、脓疱疮、毛囊炎、疖、痈、蜂窝织炎、丹毒、手癣、足癣、体癣、股癣、甲癣（灰指甲）、手足皲裂、真菌性甲沟炎及各种深部真菌感染等。
5、精神医学科
上海市同济医院精神医学科，在焦虑抑郁障碍、心境障碍、生理心理障碍、精神分裂症等疾病诊治、会诊联络精神医学服务等方面形成了药物治疗-生物反馈-心理治疗-无抽搐电休克治疗等较完备的诊疗体系，并着力打造社区-门诊病房综合诊治一条龙服务特色。
