杭州肠道科有名的医院是浙江大学医学院附属第一医院、浙江大学医学院附属第二医院、浙江大学医学院附属邵逸夫医院等，其中浙江大学医学院附属第一医院消化内科是国家临床重点专科、浙江省医学重点学科，在酒精性肝病和脂肪肝发病机制及诊治研究学等方向属国内领先浙江大学医学院附属第二医院的消化内科，是浙江省消化病临床诊疗和教学科研的中心之一。浙江大学医学院附属邵逸夫医院的消化内科为浙江省和医院重点临床专科，在国内享有声誉。
第一名：浙江大学医学院附属第一医院-消化内科
浙江大学医学院附属第一医院消化内科是国家临床重点专科、浙江省医学重点学科，国家级消化专科医师和消化内镜医师培训基地和博士后流动站。消化内科在酒精性肝病和脂肪肝发病机制及诊治研究、胃癌基础和临床研究、胆石症的基础研究、小肠疾病的研究、幽门螺旋杆菌的研究和肠道免疫学等方向属国内领先。消化内科常规开展早期消化道肿瘤、黏膜下肿瘤的EMR/ESD/ESE/EFTR治疗；贲门失弛缓症内镜下括约肌切开术（POEM）等。
第二名：浙江大学医学院附属第二医院-消化内科
浙江大学医学院附属第二医院的消化内科，是浙江省消化病临床诊疗和教学科研的中心之一。科室目前承担全省及其周边省市消化系统常见病及疑难、危重病的诊治工作。拥有国际最先进的奥林巴斯、富士能胃肠镜系列，电子超声内镜以及单气囊小肠镜、胶囊内镜系统，在消化内镜的诊治方面处于领先水平。
第三名：浙江大学医学院附属邵逸夫医院-消化内科
浙江大学医学院附属邵逸夫医院的消化内科为浙江省和医院重点临床专科，经过20余的发展，成为了国内拥有一流医疗技术、优质医护服务的，高水平、高标准、高质量的消化系统疾病诊治中心。设立多个临床与科研教学相结合的亚专科团队，以诊治炎症性肠病、胃肠动力障碍性疾病、早期消化道肿瘤以及肝胆胰疾病为特色，在国内享有声誉。
第四名：浙江医院-消化内科
浙江医院的消化内科是重点专科，科室亚专科齐全，特色鲜明，病房主要收治食管疾病、胃肠道疾病、肝胆胰疾病、营养不良及消化系统疑难疾病和内镜介入性治疗患者，并有老年消化特色专业。消化内科拥有国家食品药品监督管理局批准的药物和医疗器械临床试验资质，已开展国际、国内多中心研究10余项。
第五名：浙江省人民医院-消化内科
浙江省人民医院的消化内科，目前已成为浙江省人民医院的主干学科之一，综合实力已位居省内消化专科的领先行列。学科的主要业务是利用消化内镜开展临床诊断和治疗。科室目前承担全省及其周边省市消化系统常见病及疑难、危重病的诊治工作。拥有国际最先进的奥林巴斯胃肠镜系列，电子超声内镜以及单气囊小肠镜、胶囊内镜系统，在消化内镜的诊治方面处于领先水平。
第六名：浙江省立同德医院-消化内科
浙江省立同德医院的消化内科，是国家中医药管理局脾胃病重点专科，浙江省中西医结合重点学科（胃肠道肿瘤防治学），省中医药管理局“胰腺病”和“胃病”重点专科，在脾胃病、急性胰腺炎、溃疡性结肠炎的治疗上颇具特色，应用口服中药、针灸、药物灌肠、穴位贴敷等有特色的中医特殊疗法提高了疾病的临床疗效。
第七名：杭州师范大学附属医院-消化内科
杭州师范大学附属医院的消化内科为医院重点学科，科室医护人员专业理论扎实，规范治疗消化道常见病多发病，对消化系统各种疑难杂症有丰富临床经验。常规开着胃肠镜、胶囊内镜、小肠镜、超声内镜等检查。成熟开展消化道各类内镜下手术。作为大学附属医院及全国住院医师规范化培训基地承担各类教学以及临床科研工作。
第八名：杭州市西溪医院-消化内科
杭州市西溪医院的消化内科是省级重点学科的亚专科之一，常规开展胃镜、肠镜、胰胆镜、超声内镜等诊断治疗项目。ERCP、EUS、ESD作为微创时代的技术标志，融合现代诊疗于一体，深受广大患者的好评。尤其近5年科室融合ERCP、EUS技术，使得医院“肝胆胰疑难疾病”的诊治达到省内一流水平。
第九名：杭州市红十字会医院-消化内科
杭州市红十字会医院的消化内科，注重学科建设和科技创新，尤其在功能性消化不良、消化性溃疡、胃食管返流病、肠易激综合症、功能性便秘以及肝硬化及其并发症采取中西并重、病症兼治的方法，取得较好疗效。2007年被浙江省卫生厅列入浙江省中西医结合重点专科建设项目。2018年被列入浙江省“十三五”中医药重点专科。2020年被列入杭州市中医脾胃病重点培育学科。