福建省立医院擅长耳鼻喉科、急救中心、眼科、儿科、呼吸内科等。
1、耳鼻喉科
福建省立医院耳鼻喉科是全省耳鼻咽喉专科领域的中坚力量，开设了喉镜专科门诊、眩晕专科门诊、聋病分子诊断专科门诊等，为福建省本领域各亚专科最齐全的学科，与国内先进水平同步。科室是福建医科大学、福建中医药大学硕士学位授予点及临床教学机构，国家级住院医师规范化培训基地，卫生部及中国残联人工耳蜗项目定点手术单位，福建省临床重点专科建设项目。
2、急救中心
福建省立医院急救中心作为省急诊专业的领军队伍，中心具备了完善的急诊医疗服务体系，院前急救、医院急诊科、重症监护病房三大功能保障了生命绿色通道的畅通。是福州城区120指挥调度中心、福建省120紧急医疗救援指挥调度中心、福建省急诊医学培训中心、福建省急诊医学研究所、福建省医学会急诊医学分会。
3、眼科
福建省立医院眼科自1947年创建，是福建医科大学硕士点、福建中医药大学硕士点、福建省重点学科、国家级住院医师规范化培训基地、福建省巾帼文明示范岗、福建省立医院重点学科，下设有白内障、青光眼、视网膜病、斜视与弱视及眼眶病等多个亚临床专科。
4、儿科
福建省立医院儿科始建于1938年，在福建省儿科界享有较高的声誉，是福建医科大学教学医院，福建中医药大学、福建省卫生技术职业学院及外省多家医学院校重要临床教学基地，是福建医科大学和福建中医药大学的硕士研究生培养点，国家级住院医师规范化培训基地。
5、呼吸内科
福建省立医院呼吸内科是该省最早独立建制的学科，为福建省医师协会呼吸内科医师分会会长单位、福建省预防医学会呼吸病预防与控制专业委员会主任委员单位、福建省呼吸内科医疗质控中心、福建省感染性疾病质控中心，2019年、2021年获复旦专科声誉排行榜——华东区呼吸专业提名。