北京小儿呼吸科医院排名靠前的是首都医科大学附属北京儿童医院、首都儿科研究所附属儿童医院、北京大学第一医院。
首都医科大学附属北京儿童医院呼吸科全国唯一获批国家呼吸系统疾病临床医学研究中心的儿科专科医院，疑难重症与罕见病诊治居国内领先。首都儿科研究所附属儿童医院呼吸内科国家临床重点专科、儿童间质病、纤毛运动障碍等疾病诊治特色鲜明。北京大学第一医院小儿呼吸内科儿科呼吸内镜介入诊疗与哮喘生物靶向治疗国内领先，率先开展四级儿科呼吸内镜技术。
1.首都医科大学附属北京儿童医院 呼吸科
国家临床重点专科，是全国唯一获批国家呼吸系统疾病临床医学研究中心的儿科专科医院。1978年建科，国内儿科最早开展支气管镜介入诊疗，确诊多例国内罕见呼吸疾病。分呼吸一、二科，擅长儿童各类呼吸疾病、非传染性肺结核及疑难罕见病诊治，对闭塞性细支气管炎、间质性肺疾病等研究积淀深厚。
牵头/参与制定我国多部儿童呼吸疾病指南及儿童结核病诊治规范，集医教研于一体，承担多项国家级科研立项，与国际顶尖儿科医院开展远程病例讨论。
2.首都儿科研究所附属儿童医院 呼吸内科
国家临床重点专科、中国医师协会内镜分会儿童呼吸内镜培训中心，亚专业布局完善。设感染与支气管镜、疑难间质病等四大亚专业组，开展电子支气管镜、多导睡眠监测等多项特色技术，擅长儿童呼吸道感染、哮喘、睡眠呼吸障碍、间质性肺病及囊性纤维化等疾病诊治。
3.北京大学第一医院 小儿呼吸内科
科室在儿科呼吸疾病诊疗领域技术领先，主攻儿童呼吸道感染、哮喘、间质性肺疾病等疑难及罕见呼吸病。国内率先开展儿童过敏性哮喘生物靶向治疗，实施首例儿科经支气管针吸活检术，率先开展经支气管镜下冷冻、激光治疗等四级呼吸内镜介入诊疗技术，在气道疾病微创介入治疗方面形成核心优势，诊疗技术与方案均达国内先进水平。
4.北京协和医院 儿科
中国现代儿科发祥地，依托协和全国疑难重症诊治指导中心的综合优势，儿科七大专业组诊疗水平行业领先。虽为综合儿科，但其在儿童呼吸系统疑难病、罕见病的诊断方面具备突出优势，可借助医院多学科协作平台，为呼吸疾病合并其他系统病变的复杂病例制定个体化诊疗方案，在早产儿肺部并发症等诊疗上积累了丰富经验。
5.中国人民解放军总医院 小儿内科
为南开大学儿科学硕博培养点、博士后科研工作站，小儿内科含儿童常见病专科（呼吸方向），擅长儿童呼吸道感染等呼吸常见病的规范化诊治。依托医院综合实力，可开展呼吸疾病合并血液肿瘤、神经系统疾病等多系统病变的综合诊疗，对儿童呼吸疾病的基础治疗规范且全面，同时注重儿童保健与早产儿肺部疾病的早期干预及随访，减少后遗症发生。
