首都医科大学附属北京友谊医院擅长消化内科、普外科、肾病内科、内分泌科、血液内科相关疾病的治疗。上述科室对于相关基础病及疑难杂症均具有丰富的检验、治疗经验，患者可根据自身情况选择对应科室就诊。
1、消化内科
科室以食管、胃肠及肝胆胰腺疾病的内镜介入(微创)诊断与治疗为特色，国内领先、国际知名，是首都医科大学消化病学系挂靠单位、国家重点(培育)学科。消化内科、肝病科及普外科强强联合成立了北京市消化疾病中心，进一步突出了在消化系统疾病诊治方面的综合优势。
2、普外科
是国家消化系统疾病临床医学研究中心(科技部、国家卫生计生委、总后卫生部认定)，包括肝胆胰外科、肝脏移植外科、胃肠外科、甲状腺乳腺外科、消化系肿瘤综合治疗5个亚专科，学科实力突出，年门急诊量13余万人次。
3、肾病内科
科室致力于加强对慢性肾脏疾病诊断能力。早期便成立了临床实验室，开展了尿红细胞分析、尿白细胞分析、尿渗透压、尿酸化试验等多项肾内科专科检验项目，对临床肾脏疾病的诊断提供了有力的支持。
4、内分泌科
是北京市内科住院医师规范化培训基地、首都医科大学内分泌与代谢病学系成员单位。主要针对常见的内分泌代谢性疾病如糖尿病、甲状腺疾病、下丘脑垂体疾病等进行诊断、评估与防治。科室科研实力雄厚，发表了多篇SCI及统计源期刊的学术论文，主持编写了《内科学手册》(内分泌部分)、《实用内分泌科查房医嘱手册》等专著。
5、血液内科
是人才梯队完整、仪器设备先进和具有较高医疗科研水平的科室，现为北京市重点科室。开展以白血病、淋巴瘤、多发性骨髓瘤、再生障碍性贫血、骨髓异常增生综合征和血小板减少性紫癜等为主的多种血液疾病的诊断和治疗，而且其诊断和治疗方法处于国内先进水平。
