成都市公共卫生临床医疗中心擅长肝病专科、艾滋病专科、结核病学科、普通外科暨肿瘤外科、人体寄生虫病专科等。
1、肝病专科
成都市公共卫生临床医疗中心肝病专科采用肝病领域先进技术，建立了一整套的实验室筛检、影像学扫描、人工肝治疗系统、肝组织学检查等诊疗系统，尤其对重症肝炎、肝硬化、消化道出血、肝昏迷等疑难危重患者的救治水平居于全国先进行列。自1999年开展人工肝治疗，是全省首家应用该技术的医院。目前已成功完成5000多例人工肝治疗，治疗例数居全国前三位。
2、艾滋病专科
成都市公共卫生临床医疗中心艾滋病专科是四川省艾滋病定点医院临床医师培训基地，于2013年起开始承为四川省艾滋病定点医院医师进修培训工作。多年来科室救治艾滋病患者例数居国内定点医院前列，艾滋病感染者/患者（HIV/AIDS）抗病毒治疗技术达到国内先进水平，对HIV/AIDS合并症、并发症的诊治，以及对疑难、重症患者的救治技术位于国内先进行列。在省内率先开展了HIV/AIDS患者外科疾病的手术治疗、HIV母婴阻断技术、妇产科治疗技术。
3、结核病学科
成都市公共卫生临床医疗中心结核病学科技术力量雄厚，对结核病的诊断治疗能力处于国内先进水平，长期进行耐多药结核病的治疗与研究，擅长诊治复治、难治性结核病、耐多药结核病、广泛耐药结核病及结核病合并症等疑难杂症、结核合并AIDS的治疗。率先在四川地区开展了耐多药结核病的基础研究工作，多年来一直肩负着全省乃至西部地区结核病防治重任，承担着成都市乃至全省结核病的医、教、研、防工作。
4、普通外科暨肿瘤外科
成都市公共卫生临床医疗中心普通外科暨肿瘤外科为成都市医学重点专科，肝癌的外科手术/微创介入治疗、泌尿系统结核/肿瘤综合治疗、肛直肠疾病微创外科治疗、腹腔及颈部淋巴结核综合治疗、艾滋病合并外科疾病的基础与临床研究是科室突出特色，在业界有较高声誉及影响力。
5、人体寄生虫病专科
成都市公共卫生临床医疗中心人体寄生虫病专科是成都市公共卫生临床医疗中心的特色专业，是成都市唯一一家收治寄生虫病患者的三级甲等专科医院，主要进行人体常见的寄生虫病的临床诊治工作，尤其是在肺吸虫、肝吸虫、血吸虫、包虫、囊虫、绦虫、土源性寄生虫的诊断符合率和治愈率上都达到较高水平，临床经验丰富。