济宁好的医院有济宁市第一人民医院、济宁医学院附属医院、兖矿新里程总医院等。其中济宁市第一人民医院在进入2020年艾力彼竞争力排行榜的19个专业中，有17个专业进入全国地级市前10位；济宁医学院附属医院在全国三级综合医院绩效考核中排名第73位，连续三年取得国家监测指标等级A+的好成绩；兖矿新里程总医院有11个专业是济宁市重点专科，连续多年患者综合满意度在96%以上。
第一名：济宁市第一人民医院
济宁市第一人民医院是山东省历史悠久、文化深厚的百年老院之一，现已成为山东省鲁西南地区学科门类齐全、医疗设备先进、专业特色突出的三级甲等大型综合公立医院。在三级公立医院绩效考核中，医院连续两年进入全国A+行列。在2020年艾力彼竞争力排行榜19个专业中，医院17个专业进入全国地级市前10位。
第二名：济宁医学院附属医院
济宁医学院附属医院，在全国三级综合医院绩效考核中排名第73位，连续三年取得国家监测指标等级A+的好成绩，综合实力稳居全省前列及国内三级甲等医院第一方阵。在山东省2020年度省属事业单位绩效考核中位列省属公立医院第一名。医院获得国家卫健委2018-2020年改善医疗服务先进典型通报表扬，荣获国家卫健委财务司“全国医疗服务价格和成本监测网络先进机构”称号等。
第三名：兖矿新里程总医院
兖矿新里程总医院前身是兖矿集团总医院，是当地唯一一家国家三级甲等医院。医院有普外科、骨科、肿瘤科、心内科、消化内科、神经内科、检验科、中医科、急诊科、感染疾病科、烧伤整形科等11个专业是济宁市重点专科，连续多年患者综合满意度在96%以上。
第四名：济宁市中医院
济宁市中医院，是国家三级甲等中医医院，省级区域中医医疗中心建设单位，是济宁市集中医、中西医结合医疗、教学、科研、预防、保健、康复于一体的大型综合性医院。医院临床学科齐全，名老中医荟萃，中医特色突出，诊疗设备先进，科研实力雄厚，综合实力强劲。针灸科为国家中医药重点专科；内分泌病科、治未病科、心血管病科、肾病科、脑病科、推拿科、康复科、脾胃病科、中医护理为山东省中医药重点专科。
第五名：山东省戴庄医院
山东省戴庄医院，已成为集神经精神疾病诊疗、教学、科研、司法鉴定、吸毒成瘾认定、职业病防治于一体的三级甲等精神病医院。医院为山东省精神专科区域医疗中心，精神科为“省级临床重点专科”,儿童青少年心理科为“省级临床精品特色专科”，神经内科、肿瘤科为“市级临床重点专科”。医院先后参与国家科技攻关计划项目10余项；为国家药物临床试验机构，近年来开展药物临床试验20余项。
第六名：济宁市妇幼保健计划生育服务中心
济宁妇幼保健院，是一家集医疗、保健、预防、康复于一体的三级妇幼保健服务机构。医院以保健为重点，以临床为依托，突出特色专科，妇产科、儿科和妇女儿童保健保偿服务是医院最显着的业务特色，在全市具有突出的技术优势。医院在全省率先开展了妇女儿童保健保偿服务，新生儿疾病筛查，对查出的患儿免费治疗，在国内外具有很大影响，是全省首批达标单位。
第七名：曲阜市中医院
曲阜市中医院，是集医疗、预防、教学、科研、保健和康复为一体的综合性三级甲等中医医院。医院2018年顺利通过三甲复审，综合服务能力进一步提升，为全国爱婴医院、山东省中医住院医师规范化培训基地的等，先后建有国家中医药管理局龙砂医学流派传承工作室曲阜推广工作站、燕京刘氏伤寒流派传承工作室、石学敏国医大师传承工作室、全国名老中医药专家肖承悰传承工作室，承担了多项省市级科研课题，学术交流平台更加广阔。
第八名：济宁市任城区妇幼保健院
济宁市任城区妇幼保健院为全国首批“爱婴医院”，国家级流感监测哨点医院，国家、省两级妇幼保健协会副主任委员单位，山东省“儿童早期发展示范基地”“省级胎儿畸形筛查会诊医院”，全国、省、市、区四级三八红旗集体。妇产科、新生儿科、儿童保健康复中心、临床及产前产后保健科为市级重点专科，更年期保健为市级首批特色专科，孕产期保健为省级特色专科。
第九名：曲阜市人民医院
曲阜市人民医院成功入选国家卫健委县级医院综合服务能力推荐标准300强，被山东省卫生健康委审核指定为现代医院管理制度省级试点单位；被国家卫健委、健康报评为全国改善医疗服务创新医院。2019年4月胸痛中心正式通过了国家胸痛中心总部标准版认证，危急重症胸痛患者死亡率由建设前的5.2%下降到目前的0.98%。2019年11月呼吸与重症医学科通过国家专业委员会认证并获优秀单位称号。
第十名：金乡县人民医院
金乡县人民医院现已发展为具有三级医院规模和技术水平的综合性医院，医院设有临床、医技、职能等50个科室，医院重视介入技术的开展，成立了介入中心，介入治疗的技术优势日益突出，逐步得到推广和应用。特色、重点专科的建立，展现出医院独到的技术水平，逐步形成鲁西南新的技术辐射中心。