保山市中医医院擅长的科室有骨伤科、肛肠科、针推科、内科、体外震波碎石中心等。
1、骨伤科
保山市中医医院骨伤科是国家“十二五”重点中医专科培育项目及云南省重点中医专科。运用中西医方法治疗伤科、骨科、风湿病、椎体疾病、骨质疏松等疾病，尤其专病治疗腰椎间盘突出症是一枝独秀。擅长运用中医正骨方法，结合现代先进影像设备，实施透视下手法复位，小夹板固定术，最大限度减少骨折并发症及骨折病的发生。
2、肛肠科
保山市中医医院肛肠科是集临床、教学、科研为一体的特色专科，是滇西片区唯一的国家级中医肛肠重点专科。运用中西医结合治疗多种肛门直肠常见多发病及疑难病，在滇西片区处于领先水平。环状混合痔分段分离外切内扎术、环状混合痔分段分离外切内扎术加括约肌松解术等为科特色技术优势。
3、针推科
保山市中医医院针推科是以中医传统治疗方法针灸、推拿为主，辅以多种物理治疗方法治疗多种常见病、多发疾病及疑难杂症的综合性特色科室，是省级重点中医专科。现开展针灸、推拿、正骨、康复、中药熏洗、火罐、隔药火疗、穴位埋线、穴位贴敷等共13种35项中医特色治疗方法，治疗疾病种类涉及脑卒中、高血压、糖尿病等内科疾病。
4、内科
保山市中医医院内科是集医疗、教学、科研为一体，以中西医结合方法治疗内科各系统疾病的科室。坚持走以中医为主，中西医结合的道路，对内科常见、多发病及各种疑难病症，形成了一套行之有效的治疗方案。擅长以中西医结合方法治疗脑血管疾病、癫痫、消化系统疾病、老年性疾病等。
5、体外震波碎石中心
保山市中医医院体外震波碎石中心率先在保山开展体外震波碎石技术工作。配有双定位体外震波碎石机及ICDE-2001A型体外震波碎石机各一台，设备先进，具有定位准确，碎石颗粒均匀，对患者治疗无创伤，痛苦小，见效快等特点。中西医结合治疗排石，排石率高，至今已治疗20000余例泌尿系结石患者，碎石率达99%，结石排净率在90%以上，可对整个泌尿系结石进行安全有效治疗。