广州市番禺区中医院擅长针灸科、眼科、骨伤科、消化内科、心血管科。上述科室学科综合实力领先，临床专科诊治优势突出，能够为患者提供优质的医疗服务。
1、针灸科
是集中医针灸特色治疗、中西药药物治疗及康复治疗为一体的综合科室，经过50余年的发展，已由原来的门诊专科发展为如今拥有门诊及住院部的科室。在疾病的针灸治疗、中西药药物治疗等方面积累了丰富的临床经验。
2、眼科
开展准分子激光业务，采用全球最先进的近视治疗系统——鹰视酷眼准分子激光系统，每年完成各种近视、远视、散光治疗数百例。擅长白内障超声乳化＋人工晶体植入手术，是广州地区综合医院（包括省，市，部队数十间医院）白内障手术例数最多的医院。
3、骨伤科
是广东省中医重点专科、国家中医药管理局第二批农村医疗机构中医特色专科，是广州南区骨伤科病人收治量最大、最具影响力的骨伤科。除了能够开展各类骨科手术之外，还利用中医特色，开展各类骨折和脱臼手法复位＋夹板外固定、“通络止痛方”热喷治疗软组织损伤、针灸、推拿等中医疗法，有效为患者解除各种病症。
4、消化内科
是该院最早成立的科室之一，是广州市中医重点专科、广州市名中医工作室单位、国家急性上消化出血救治快速通道认证单位。擅长运用多种中医特色疗法治疗慢性胃炎、上消化道出血及结肠息肉等消化系统疾病。
5、心血管科
是广州市及广东省中医重点专科、广东省胸痛中心认证单位、广东省房颤中心联盟建设单位。科室技术力量雄厚，采用中西医结合诊疗方法，疗效显著，并通过中西医协同治疗，使该院心血管疾病治疗达到广州地区先进水平。
