首都医科大学附属北京中医医院擅长皮肤科、心血管科、脾胃病科、肿瘤科、针灸中心，这些科室均有过硬的专业技术，科室医生团队专业，可为患者提供高水平、高质量的诊疗服务。
1、皮肤科
是国家中医药管理局中医药重点学科，是卫生部国家临床重点专科，由著名中医皮外科专家赵炳南先生创建，是硕士、博士研究生学位培养点。科室技术力量雄厚，人才梯队合理，始终坚持突出中医、中西医结合特色，积极开展专病专台建设，在银屑病、过敏性皮肤病等皮肤病治疗方面具有优势，并取得满意疗效。
2、心血管科
是卫生部国家临床重点专科，是北京市中医心血管病防治办公室主委单位、国家教育部重点学科首都医科大学心脏病学系组成单位。拥有三参通脉合剂、参元益气活血胶囊、调脉合剂、益气生津袋泡茶等9种院内制剂，临床疗效显著。科室不断引进并开展多项诊疗新技术，每年冠脉诊疗量在北京地区三甲中医医院中名列前茅。
3、脾胃病科
为国家临床重点专科、世界中医药学会联合会消化病专业委员会挂靠单位“六位一体”单位，也是国家脾胃病区域诊疗中心联盟主席单位，世界中医药学会联合会消化病专业委员会会长单位。牵头制定了我国脾胃病行业的17种《常见脾胃病的中医诊疗专家共识意见》。科室尤为擅长治疗慢性萎缩性胃炎癌前病变、胃食管反流病等，在北京地区同行业中服务能力遥遥领先。
4、肿瘤科
是国内最早建立的中西医结合肿瘤专科之一，是集医疗、教学、科研三位于一体的专业肿瘤防治机构。目前是国家临床重点专科、国家中医药管理局重点学科及重点专科建设单位。经过多年的科学探索和临床实践，构建了完整的中西医结合肿瘤诊疗体系，形成了独特的学术特色和专科优势。
5、针灸中心
科室汇集了有“南陆北王”之称的金针王乐亭、创立“针灸三通法”的首届国医大师等一批在全国具有学术影响力的针灸大家，学术底蕴深厚。创立了贺氏针灸三通法理论体系，为当代针灸治疗学做出突出贡献，并据此制定了火针国家标准，具有广泛的学术影响力。
