云南呼吸科医院排名靠前的是昆明医科大学第一附属医院呼吸与危重症医学科、昆明医科大学第二附属医院呼吸内科、云南省第一人民医院呼吸内科等。昆明医科大学第一附属医院呼吸与危重症医学科是云南省独立建科的呼吸内科，为全国首批PCCM优秀单位，呼吸系统疑难危重症诊治处于云南省领先、西部知名水平。昆明医科大学第二附属医院呼吸内科下设两个病区，是云南省首批PCCM专培基地，在复杂睡眠呼吸紊乱疾病、支气管镜介入治疗等领域处于省内领先水平。云南省第一人民医院呼吸内科是云南省临床呼吸重点专科，2006年被评定为云南省呼吸疾病诊治中心，多种呼吸疾病诊治达国内先进水平。
1、昆明医科大学第一附属医院 呼吸与危重症医学科
该科室由呼吸与危重症医学一科、二科组成，一科前身为1987年成立的云南省独立呼吸内科，二科源自同一专科并于2004年独立建科，是云南省一流的呼吸学科临床、研究及疑难病诊治中心。科室多人赴美国、澳大利亚等国内外知名院所研修，学科是呼吸病学博士、硕士招生点，全国首批PCCM优秀单位、专培基地，云南省慢性呼吸系统疾病防治牵头单位。截至目前累计获省级科技进步奖等科研奖励8项，国家实用型专利20余项，各级科研立项30余项；发表专业论文300余篇，其中SCI收录110余篇，参编指南20余部、专著30余本。科室年门诊量6万余人次、年住院4千余人次，在省内率先构建气道支架置入、硬质支气管镜等技术体系，诊治水平云南省领先。
2、昆明医科大学第二附属医院 呼吸内科
该科室下设呼吸与危重症医学科一病区、二病区，是国家级住院医师规范化培训内科专业基地、专科医师规范化培训呼吸内科专业基地。科室医护人员多有法国、美国等国内外知名院校进修经历，多位医护人员在国家级、省级专业学会任职。科室是云南省睡眠呼吸紊乱疾病研究中心挂靠单位，2018年成为云南省首批国家PCCM规范化建设合格单位，2021年通过复审，获睡眠呼吸障碍单修基地资质。累计承担各级科研项目20余项，其中国家自然科学基金多项，发表学术论文140余篇，其中SCI收录20余篇，获云南省科技进步三等奖1项。科室开设床位共88张，年门诊量超4000人次，年收住院患者1500余人次，在复杂睡眠呼吸紊乱、支气管镜介入等领域省内领先。
3、云南省第一人民医院 呼吸内科
该科室是云南省唯一临床呼吸重点专科，已有34年建科历史，2006年被评定为云南省呼吸疾病诊治中心，是省内集临床、科研、教学为一体的省级重点专科。学科带头人黄祖佑是云南省医学会呼吸分会副主任委员，曾获中组部抗击“非典”表彰。科室配备7张床位的呼吸重症监护室（RICU），设有睡眠监测室、肺功能室、纤支镜室、胸腔镜室等功能区，拥有各型呼吸机20台及配套监护设备，规模与设备达国内先进水平。科室在慢阻肺、支气管哮喘、弥漫性肺间质疾病、肺癌、呼吸衰竭等疾病诊治达国内先进水平，年有创机械通气50-60人次、无创机械通气超200人次，年接收省内外进修医护50-60人，获多项省、厅级科技进步奖。
4、云南大学附属医院 呼吸内科
该科室针对呼吸系统常见病、危重病和疑难病建立了一整套科学规范的诊治常规，推动科室诊疗水平及在国内、省内的学术地位显著提升。呼吸系统疾病是内科常见、多发病，具有较高的发病率与致残率，科室围绕这类疾病搭建覆盖全谱系的诊疗体系，覆盖常见病、危重症及疑难病。目前科室在慢性阻塞性肺病（COPD）、支气管哮喘、弥漫性肺间质疾病、肺癌、呼吸衰竭、胸膜疾病等疾病的诊治方面达到国内先进水平，能够为上述疾病患者提供规范、专业的诊疗服务，适配不同患者的就医需求。
5、云南省第三人民医院 呼吸与危重症医学科
该科室前身为1950年设立的大内科呼吸专业学组，发展已有60余年，是上海市肺科医院合作基地，2021年通过PCCM规范化建设项目评审并正式更名。科室是国家呼吸疾病临床研究中心-呼吸专科医联体、慢性阻塞性肺疾病协作组、中国呼吸肿瘤协作组等权威机构成员单位，多人担任省市级医学学术团体委员，与国内省内领先医院及专家保持密切联系。科室设有专家专科门诊、多个专病门诊及支气管镜室、肺功能室等功能区，可诊治各类呼吸系统疾病及发热待查疾病，能解决疑难、复杂及危重呼吸系统疾病的诊治问题，专科门诊全年无休。
