上海肾内科比较厉害的医院是上海交通大学医学院附属瑞金医院、，复旦大学附属中山医院、复旦大学附属华山医院。
上海交通大学医学院附属瑞金医院肾脏科是国家多重重点学科，奠基深厚、国际认可度高，复旦大学附属中山医院肾内科是我国血液净化技术的主要开创者与质控中心，复旦大学附属华山医院肾病科由学科创始人邱传禄教授建立，历史地位崇高。
1、上海交通大学医学院附属瑞金医院 肾脏科
该科是教育部及卫生部重点学科、上海市领先学科，国内最早成立的肾脏专科之一。学科历史底蕴深厚，在国内率先报道了多种罕见肾脏病例。作为国家级临床药理基地及医生培训中心，其血液净化中心设备与规模国内领先，并成为国际肾脏病学会（ISN）姐妹中心计划中中国首个A级中心，国际影响力显著。
科室在继发性肾脏损害、遗传性肾病、急慢性肾衰等诊治上形成强大特色，科研实力雄厚，主持多项国家级课题及国际临床试验。
2、复旦大学附属中山医院 肾内科
科室是我国血液净化技术的主要创建单位，拥有光辉历史，自主研发了首台标准平板型人工肾机。现为教育部重点学科、上海市肾病与透析研究所及上海市血液透析质量控制中心挂靠单位。
在血液净化领域开创了众多国内首例技术（如CRRT、分子吸附循环等），并推广至全国。科室在危重急性肾损伤救治、疑难肾脏病诊疗及肾脏替代治疗各方面均居国内领先地位，主持制定多部国家级诊疗规范与指南，是我国肾脏病医疗、科研与教学的核心基地。
3、复旦大学附属华山医院 肾病科
科室由我国肾脏病学三大奠基人之一的邱传禄教授于1964年创建，其在60年代初即率先开展肾穿刺与腹膜透析，历史贡献卓著。学科是教育部重点学科、复旦大学“985工程”重点建设学科。科室以肾脏疾病与全身系统性疾病（如心血管、糖尿病）的关联研究为特色，相关成果荣获中华医学科技奖等多项奖励。
在临床医疗上，科室擅长处理肾脏科疑难重症，并开展了血脂分离等一系列先进的血液净化技术。
4、上海交通大学医学院附属仁济医院 肾内科
科室是国家临床重点专科、教育部重点学科，并作为首批卫生部腹膜透析培训示范中心享誉全国。其腹膜透析技术是核心优势，相关研究曾获国家科技进步二等奖，患者管理规模与质量居国内前列，数据被国际权威机构（USRDS）采纳。
科室同时是亚太腹透临床学院及国家慢性肾病临床医学研究中心分中心，在中西医结合防治肾脏病、危重肾脏病救治及血液净化方面具备强大综合实力，科研与临床水平均达国内一流。
5、上海交通大学医学院附属第九人民医院 肾脏内科
科室是集医疗、教学、科研于一体的重要肾脏病中心，在危重肾脏病学与新型血液净化技术研发领域特色突出。科研创新能力强劲，承担包括国家自然科学基金在内的数十项课题，在顶级期刊发表多篇高水平论文，并成功研发转化多项血液净化专利技术。科室亚专业齐全，尤其在复杂血管通路建立、尿毒症并发症处理及自身免疫性肾病诊治方面经验丰富。
其打造的“九院肾友会”品牌活动广受好评，科室曾荣获“上海交通大学三八红旗集体”等荣誉称号。
