上海交通大学医学院附属第九人民医院擅长整形科、耳鼻喉科、口腔科、眼科、骨科，上述科室在国内均具有良好的声誉，患者可根据个人情况选择对应科室就诊。
1、整形科
获复旦专科声誉排行榜第一，是我国迄今唯一的颅面外科和淋巴水肿综合治疗中心。学科设置显微重建、颅面外科、烧伤整形外科和美容外科等七大专科，包括面神经瘫痪、泌尿生殖系畸形、激光、植发、功能康复等20个专业方向。
2、耳鼻喉科
是国家药物临床试验基地、上海市儿童听力障碍诊治中心。下设耳神经颅底外科、鼻及鼻畸形外科、咽喉头颈外科及听力中心等亚专业，建立了耳鼻喉疾病规范化诊断和防治体系。
3、口腔科
是国家临床重点专科，下设口腔病理科、口腔正畸科、口腔种植科、口腔综合科等15个科室，对于口腔疾病分类诊治全面，其中口腔病理科对口腔颌面部疾病的病理诊断水平居于国内领先地位。
4、眼科
是以眼整形眼眶病为特色、玻璃体视网膜病、白内障、青光眼、眼表角膜病、眼视光和斜弱视等专业全面发展的学科。连续四年荣获复旦专科声誉排行榜前十，该科室拥有先进的医疗设备，率先将内镜导航手术系统应用于眼眶骨折修复、眼眶减压手术，达到国际先进水平。
5、骨科
是国家重点学科，国家临床重点专科，临床技术力量雄厚、医疗设备先进齐全。学科下设关节外科、运动医学、创伤骨科、脊柱外科、骨肿瘤和骨病、足踝矫形等学组，诊疗范围涵盖骨科各类疾病。
