脑科医院排名第一的是北京协和医院，该医院神经科现已成为全国久负盛名的神经专科，连续6年在复旦大学专科声誉排行榜上名列神经内科专科声誉第一名。此外，脑科医院排名靠前的还有北京天坛医院、复旦大学附属华山医院等，北京天坛医院神经病学中心是全国规模最大、学科建设最为齐全的学科之一；复旦大学附属华山医院神经内科是上海市医学领先专业重点学科。
第一名：北京协和医院-神经科
北京协和医院神经科，现已成为全国久负盛名的神经专科，是国内最早的神经病学专业博士、硕士学位授予点及博士后工作站之一。在处理和解决疑难杂症和重症方面处于国内领先地位。现拥有11个专业组（临床神经生理、脑电图与癫痫、痴呆与认知障碍、脑血管病、帕金森及运动障碍、神经病理、神经肌肉病、感染与脑脊液细胞学、神经免疫、神经遗传和睡眠），开设9个特色门诊（神经肌肉病门诊、肌张力障碍和肉毒毒素治疗门诊、帕金森病和老年痴呆门诊、癫痫门诊、脑血管病门诊、运动神经元病、重症肌无力门诊、多发性硬化门诊和头痛门诊等），为广大患者提供高水平的医疗服务。连续6年在复旦大学专科声誉排行榜上名列神经内科专科声誉第一名。
第二名：北京天坛医院-神经病学中心
北京天坛医院神经病学中心是全国规模最大、学科建设最为齐全的学科之一，是教育部国家重点学科、卫计委国家临床重点专科、科技部脑血管病防治研究创新团队、国家神经系统疾病医疗质量控制中心、科技部国家神经系统疾病临床医学研究中心，入选国家卫计委疑难病症诊治能力提升工程。中心亚专科设置齐全，设立血管神经病学科、神经重症医学科、运动障碍性疾病科、认知障碍性疾病科、神经感染与免疫疾病科、神经肌肉病学科、癫痫科等7个亚专科科室。
第三名：复旦大学附属华山医院-神经内科
复旦大学附属华山医院神经内科是上海市医学领先专业重点学科、WHO神经科学研究和培训合作中心、教育部国家重点学科、卫生部临床重点专科，是复旦大学附属华山医院的特色学科之一。除各类特需、特色、疑难病门诊以外，还设有各种近14种神经科专病门诊，包括重症肌无力、肌病、卒中筛查、癫痫、帕金森病和运动障碍、运动神经元疾病、多发性硬化等脱髓鞘病、慢性头痛、头晕、周围神经病、神经病理性疼痛、记忆障碍、睡眠障碍、神经遗传疾病等。
第四名：首都医科大学宣武医院-神经内科
宣武医院神经内科为北京市重点学科、国家级神经病学重点学科，现已发展成为国内一流的神经内科，是全国的神经病学医疗、教学和科研中心之一。科室以脑血管病、癫痫、痴呆、帕金森病为主要发展方向，拥有27个特色专病门诊。神经内科目前分为15个专业组：癫痫专业组、睡眠障碍专业组、心身疾病专业组、脑血管病专业组等。2012年以总分第一名成绩获得神经内科国家卫生部临床重点专科。
第五名：四川大学华西医院-神经内科
四川大学华西医院神经内科是西南地区神经系统疾病疑难重症的诊治中心，部分疑难、重症的诊治已达到国际一流，国内领先水平。科室建立并发展了脑血管疾病、癫痫与发作性疾病、运动障碍疾病、脱髓鞘与脊髓疾病、认知功能障碍疾病、周围神经与肌肉疾病、中枢神经系统感染、脑病以及神经系统疾病重症与疑难杂病专业等多个亚专业方向。
第六名：中山大学附属第一医院-神经科
中山大学附属第一医院神经科是国家重点学科、国家临床重点专科，是国内一流，并有一定国际影响的神经病学临床与基础研究基地，也是我国高层次神经病学科人才培养中心之一。学科以常见神经系统疾病的发病机制、预防和治疗作为主要研究方向，以最大程度的解决临床问题的根本宗旨，一直是我国南方神经系统疑难病和少见病的诊治和转诊中心，能接受来自全国各地的神经系统疑难疾病的诊治和危重疾病的急救。
第七名：中南大学湘雅医院-神经内科
中南大学湘雅医院神经病学学科，是我国最早建立的神经病学学科之一。2001年被遴选为教育部全国高等学校重点学科，2012年被评为卫生部国家临床重点专科，2018年获国家疑难病诊治能力提升工程项目（脑血管病），2019年成为国家区域医疗中心神经内科试点输出单位。2018年复旦大学专科声誉和专科综合排行榜中，中南大学湘雅医院神经内科分别位居全国第7和第6；自2013年复旦大学专科声誉区域排行榜设立以来，中南大学湘雅医院神经内科一直稳居华中地区第1。
第八名：上海交通大学医学院附属瑞金医院-神经内科
上海交通大学医学院附属瑞金医院神经内科为国家重点专科、国家重点建设学科。科室开设了帕金森病及运动障碍、老年性痴呆及记忆障碍、癫痫、脑血管病及头痛、肌病、偏头痛专六大专病门诊，并成立了神经病学研究、帕金森病诊疗与研究中心、上海阿尔茨海默病中心。帕金森病的基础与临床研究一直是学科建设的重点，获国家、国家教委、卫生部、上海市科技进步奖7项，其中部分研究成果达到了国际先进水平，得到国内外同行的好评。
第九名：中国人民解放军总医院-神经内科
中国人民解放军总医院神经内科是汇集第一医学中心，第三至第八医学中心神经内科的综合性研究型临床医学部。设置神经内科、神经介入科、重症医学科和研究所4个亚专科，形成了以脑功能障碍、神经肌肉病、脑血管病、神经系统感染与免疫、神经系统变性病、神经肿瘤、脊髓脊柱疾病及神经中毒等为代表的14个优势专业方向，多数处于国内领先、国际一流水平。是亚洲唯一国际头痛中心、北京市唯一授权神经肌肉病会诊中心（全国最早开展的神经系统疑难病会诊中心）。
第十名：福建医科大学附属第一医院-神经内科
福建医科大学附属第一医院神经内科为福建省医学重点学科，是福建省神经病学唯一的国家临床重点专科建设项目单位，现为中国罕见病协作网省级牵头单位，是福建省神经病学医疗、科研、教学中心。科室设有脑血管病、神经遗传病、神经肌肉病、癫痫、神经变性、神经免疫与感染、神经心理与认知障碍、运动障碍及神经危重症等稳定的亚专科，注重学科交叉、优势整合。