西南医科大学附属中医医院擅长的科室有心脑内科、肾内科、耳鼻咽喉科、肝胆病科、麻醉科等。
1、心脑内科
西南医科大学附属中医医院心脑内科是四川省重点专科，是硕士及博士研究生培养科室，博士后科研流动工作站。科室采用中医、西医、中西医结合多种手段诊治高血压病、冠心病、急性心肌梗死、心肌炎等，疗效显著。赤红补肺胶囊、麦黄养阴颗粒等专科制剂广泛应用于临床，深受患者好评。
2、肾内科
西南医科大学附属中医医院肾内科是国家临床重点专科、国家中医药管理局重点专科、四川省中医药管理局重点专科，科室采用中医、西医、中西医结合手段诊治急慢性肾炎、肾病综合征、急慢性肾衰竭等，疗效显著。尤其擅长中医多途径联合给药治疗慢性肾衰竭，中西医结合治疗难治性肾病综合征。
3、耳鼻咽喉科
西南医科大学附属中医医院耳鼻咽喉科是国家级和四川省中医重点专科、国家级中医耳鼻咽喉科继续教育基地。是川滇黔渝地区耳鼻咽喉科疾病的中西医结合临床、教学、科研中心，是泸州医学院中西医结合临床耳鼻咽喉科学硕士研究生授予点。中华中医药学会耳鼻咽喉专委会员单位、中华医学会耳鼻咽喉专委会员单位等。
4、肝胆病科
西南医科大学附属中医医院肝胆病科是国家中医药管理局重点专科、四川省中医药管理局首批重点专科等，科室擅长采用中医、中西医结合手段诊治病毒性肝炎、肝硬化及上消化道出血、肝性脑病、肝肾综合征等疾病，拥有不错的治疗效果，受到患者好评。
5、麻醉科
西南医科大学附属中医医院麻醉科是四川省卫计委甲级重点建设学科，科室承担了麻醉学各层次教学，接受住院医生系统学习麻醉学的基础理论和治疗专业知识，并接受特别严格的规范化临床技能训练。科室参与各级课题20金项，发表论文120余篇，参编教材10部。