内蒙古医科大学附属医院擅长的科室有呼吸内科、心血管内科、内分泌科、妇科等。
1、呼吸内科
内蒙古医科大学附属医院呼吸内科是自治区医疗卫生重点学科，也是自治区内最早的集呼吸系统疾病临床诊疗、危重病救治、内科教学和科研于一体的三级学科专业科室。主要收治呼吸系统常见疾患及非危重患者，病房对于呼吸科常见疾病的诊治技术成熟，包括肺炎、慢性阻塞性肺疾病、间质性肺炎、肺栓塞等，对于一些疑难疾病，如胸痛、呼吸困难、咳嗽等病因不明的疾病，也有相当高的诊断及治疗水平。同时对于肺部肿瘤开展以化疗为主，集内分泌治疗、分子靶向治疗、生物治疗、微创治疗、中医中药治疗、癌痛治疗为一体的综合治疗。
2、心血管内科
内蒙古医科大学附属医院心血管内科是自治区医疗卫生重点学科，是治疗各种心血管疾病的专业病区，也是一个集心血管疾病的医疗、教学、保健、科研于一体的病区。并配有中心心电监测仪、微型床旁监测仪等设备，对发生严重心血管事件时及时启动报警系统，发现病情变化，大大提高了治愈好转率。除常规心血管疾病的诊治之外，还开展了缓慢性心律失常的心脏起搏器植入术、室上性心动过速等快速性心律失常的射频消融术（RFCA）、经皮腔内冠状动脉成形术及冠状动脉内支架植入术（PCI）。
3、内分泌科
内蒙古医科大学附属医院内分泌科是自治区医疗卫生重点学科。常规开展糖尿病、甲状腺疾病、胰岛素瘤、垂体瘤、尿崩症、性早熟等多种疾病的诊治。科室另一特色是开展复杂、少见病的诊治，包括肾上腺皮质癌、先天性肾上腺皮质增生症、肾上腺大结节样增生等。并且科室被《中国医师协会内分泌代谢科医师分会》授予糖尿病基层医师培训基地；为中华医学会糖尿病学分会糖尿病教育管理基地；国家级临床药理实验基地；优质护理服务示范病房。很多项目填补了内蒙古自治区的空白。
4、妇科
内蒙古医科大学附属医院妇科是内蒙古自治区医疗卫生领先学科。分为产科、普通妇科、妇科恶性肿瘤、妇科腔镜、计划生育、生殖医学中心六个亚专科，并设有遗传实验室，阴道细胞学实验室，细胞培养实验室，基因诊断实验室，是自治区在遗传、优生、不孕、计划生育、生殖内分泌、妇科疾病、妇科肿瘤、腔镜及高危孕产妇诊治等方面最具有显著特色和优势的科室。同时开展腹腔镜下子宫内膜癌根治术、宫颈癌根治术、卵巢癌手术及盆底重建术等高精尖四级手术。
