北京市隆福医院擅长的科室有呼吸内科、老年病科、肛肠外科、骨外科、康复医学科等。
1、呼吸内科
北京市隆福医院呼吸内科是东城区重点专科，拥有有创呼吸机、无创呼吸机等先进设备。呼吸内科具有较高的综合临床诊治水平。科室在慢性阻塞性肺疾病、支气管哮喘、肺栓塞、老年肺炎等呼吸科疾病方面积累了大量的临床经验，并对老年患者复杂难治的综合病情诊治方面独具特点。目前科室拥有肺功能室，能够独立完成支气管镜的检查，进行呼吸睡眠的监测，尤其在无创呼吸机的使用方面具有较高的水平。
2、老年病科
北京市隆福医院老年病科，作为北京市市级重点专科，是集医疗、教学、科研为一体的重点科室。以中西医结合为诊疗特色，对老年人常见的多发病、疑难病、危重病，特别是对老年脑血管病、高血压病、冠心病、急慢性肾病、糖尿病等慢性病急性发作期及缓解期治疗上积累了丰富的经验。
3、肛肠外科
北京市隆福医院肛肠外科是东城区中医重点专科。采用多普勒引导下痔动脉结扎术治疗各期内痔，混合痔，尤其是便后出血及便后肛门部肿块脱出，此技术国内外领先，术后痛苦小，恢复快，受到患者高度赞扬。独家开展肛周脓肿一次性根治术，成功率高，减少病人痛苦。对肛瘘采用瘘管切除加异体材料植入术，术后恢复快，痛苦小，不损伤肛门括约肌。开展PPH（痔上粘膜切除吻合术）方法治疗混合痔直肠前突、直肠粘膜松弛、直肠内脱垂。
4、骨外科
北京市隆福医院骨外科是东城区中医重点专科，科室内有电脑控制颈腰椎牵引床、骨科创伤治疗仪、下肢驱动治疗仪等设备。开展了膝关节镜手术，包括关节镜探查、关节内游离体取出、半月板修补、半月板部分切除等，手术效果很好，为老年股关节病患者解除了痛苦。
5、康复医学科
北京市隆福医院康复医学科是市重点专科，注重康复治疗和中西医结合治疗，可进行肢体功能训练、平衡训练、起坐训练、康复踏车训练、认知功能训练等训练项目，以及针灸、刮痧、拔罐、艾灸、手法按摩、穴位贴敷、中药足浴等中医治疗项目。