乌海市蒙医中医医院擅长的科室有针灸推拿科、蒙医风湿病科、脑病科、康复中心、老年病科等。
1、针灸推拿科
乌海市蒙医中医医院针灸推拿科，成立于2002年8月。2018年被评为内蒙古自治区重点专科建设项目。科室突出传统针灸特色，现增加新技术新项目有埋线疗法、刺络放血疗法、穴位贴敷疗法、腊疗，针灸和钦针减肥美容、毫火针疗法、牵引疗法等，深受患者的欢迎和好评。
2、蒙医风湿病科
乌海市蒙医中医医院蒙医风湿病科，2012年被评为国家中医药管理局“十二五”重点专科建设项目，也是市内卫生专业唯一国家级重点专科。蒙医风湿病科主要治疗风湿性关节炎、类风湿性关节炎、强直性脊柱炎、红斑狼疮、痛风，以及颈椎病、肩周炎、腰椎病、膝关节炎、腰肌劳损等颈肩腰腿痛疾病，滑膜炎、筋膜炎、产后风、脊柱关节病、银屑病等，对风热性头痛、带状疱疹、面神经麻痹等疾病，疗效显著。
3、脑病科
乌海市蒙中医院脑病科拥有多种先进设备，擅长运用中医、中西医结合方法治疗神经系统疾病，如脑梗塞、脑出血、帕金森病、痴呆、睡眠障碍、焦虑抑郁状态、三叉神经痛、癫痫、面神经炎、面肌痉挛、周期性麻痹等。近年来科室积极引进新技术、新项目，传承开展民族医药特色疗法。其中国家中医药管理局适宜技术推广项目---舌针治疗中风后失语、吞咽障碍特色疗法在科室广泛应用。
4、康复中心
乌海市蒙中医院康复中心成立于2005年，2015年被自治区评为“中医特色康复重点专科”。科室引进大批国内外先进设备，技术、服务理念超前，得到患者的普遍认可。中心突出中西医结合诊疗优势，在治疗颈椎病、颈肩综合征、腰椎间盘突出、面瘫、中风后遗症等方面疗效显著，特别是神经康复、骨科术后康复、疼痛康复等方面的治疗拥有独特优势。
5、老年病科
乌海市蒙医中医医院老年病科成立于2016年4月，2017年8月被自治区卫健委评定为“内蒙古自治区医疗卫生重点学科”。科室拥有全市唯一的旋磁治疗仪、前庭功能检查仪、无创呼吸机，同时配备前庭康复锻炼室，指导头晕/眩晕、姿势不稳的患者进行前庭康复锻炼，可明显改善患者预后，缩短病程。
