青海省藏医院擅长的科室有脑病科、脾胃科、外治科、治未病科、肝胆科等，这些科室设备齐全、技术力量雄厚，可以为患者提供高水平的治疗。
1、脑病科
青海省藏医院脑病科为“十二五”国家中医药管理局临床重点专科脑血管专科、国家药物临床试验机构脑血管病专业研究基地、青海省名科、是全省唯一的藏医特色治疗（白脉病）神经系统疾病的民族医重点专科。主治头痛、中风、眩晕、面瘫、癫痫、脑震荡、痴呆、颤证、郁证、失眠、痉证、痿证(现代医学的多发性神炎、脊空洞症、肌菱缩、肌无力、侧索硬化、运动神经元病、周期性麻、肌营养不良症、病性瘫癌和表现为软瘫的中枢神经系统感染后遗症等)等多种神经系统疾病。
2、脾胃科
青海省藏医院脾胃科是青海省重点专科、青海省名科。在藏医尿诊、舌诊、脉诊等诊断方法及藏医疗法基础上，充分利用现代诊疗技术，对消化系统疾病有着明显的疗效。主治消化不良、胃火衰败、糜烂性胃炎、十二指肠溃疡、瘰疬、炭疽、急、慢性肠炎、胃绞痛、胃寒、隆病、虫症、便秘等胃肠系统疾病。
3、外治科
青海省藏医院外治科至今为止开展及发展了多项藏医特色治疗项目，科室以藏医学身心一体健康观念为指导思想，挖掘和传承传统藏医特色诊疗技术为己任，对腰椎间盘突出、痛风、关节炎等疾病，结合现代医学诊断技术，以藏医四大疗法之外治为主治疗疾病的传统特色专科。2018年藏医外治学被评为国家中医药重点学科，2012年被评为“十二·五”国家级重点专科，2007年被省卫生厅评为青海省特色专科。2013年被评为藏医药浴疗法和藏医放血疗法的“传承基地”。
4、治未病科
青海省藏医院治未病科成立于2013年，是国家中医药管理局“十二五”重点专科，是全国第一个在三级甲等藏医院设立的治未病专科。科室以藏医养生理论为指导，以藏医体质辨识为基础，以为亚健康人群提供个性化的养生理念和方法为目标，充分发挥藏医药在养生保健方面的特色优势，探索出了一套临床疗效明显、可操作性强的藏医养生模式和具体养生方法。
5、肝胆科
青海省藏医院肝胆科是国家级重点专科、青海省名科、省级重点专科、国家药品临床实验基地专科之一。运用藏医四大疗法：饮食疗法、起居疗法、药物疗法、外治疗法，将藏医优势疗法与西医诊断技术相结合，在治疗各类肝胆疾病方面有多年的临床经验及显著疗效。主治乙肝等各类病毒性肝炎、早期肝硬化、脂肪肝、肝包虫、胆囊炎、胆结石、胆囊息肉等各种肝胆系统疾病。
